1) фонограммы (одно-, двух- и трехконсонантные), позволяющие передавать согласные звуки слова, при этом двух- и трехконсонантные знаки могли дублироваться одноконсонантными. Называемые уже Плутархом «алфавитными» 25 знаков никогда не использовались как алфавит самими египтянами, однако, судя по всему, послужили основой для семитского квазиалфавитного письма, из которого появился и первый настоящий алфавит – греческий). Они были заимствованы нубийцами (Мероэ) в 1 тыс. до н. э. и использовались ими в качестве алфавита, что навело Диодора (3 кн.) на мысль о том, что египтяне заимствовали письмо у эфиопов, т. к. все эфиопы владеют иероглифами;
2) детерминативы, ставившиеся для различения слов, имеющих одинаковый консонантный состав, но разное значение (таких слов было довольно много, так как гласные не передавались). Кроме обозначения родовых понятий, детерминативы существовали даже для понятия «абстрактное», что свидетельствует о высокой степени осознания египтянами абстракции (и абстрактного мышления) и их развитом чувстве языка. Уже в 1 династию появляются изображения чисел до 1 миллиона;
3) идеограммы, обозначавшие изображенные предметы. Часто один и тот же иероглиф мог выступать во всех трех функциях.
Если необходимость детерминативов нам понятна (они, хотя и не в таком количестве, встречаются и в других системах письма, например, в шумерской), то большую проблему для современного человека (в том числе первых дешифровщиков иероглифов) представляют на первый взгляд избыточное дублирование египтянами двух- и трехконсонантных знаков одноконсонантными и «фонетические» детерминативы. Но нужно помнить, что иероглифы несли и эстетическую функцию (что вызывало их перестановки местами для красоты), и магическую (Тот был также богом магии). Возможно, что одноконсонантные знаки считались более вульгарными и менее священными, чем остальные, так как в Текстах Пирамид идеограммы заменяются (для ослабления их магической силы) фонетическими знаками. В таком случае получается, что двух- и трехконсонантные знаки в подобных дублирующих написаниях несли декоративную и магическую функции, а одноконсонантные – фонетическую. Не исключено, что изначально знаки обозначали согласный + любой гласный, т. е. были квазислоговыми знаками. Отсутствие обозначения гласных привело к тому, что фонетика древнеегипетского языка до сих пор плохо известна. Реконструкции на основании отстоящего на несколько тысячелетий коптского (уже Шампольон), клинописных параллелей (Перепелкин) или афразийских соотношений (Шенкель) далеко не всегда убедительны. Египетский язык входил в т. н. афразийскую (семито-хамитскую) семью народов, внутри которой он более всего был родствен семитским, а также берберским языкам, с которыми его иногда объединяли (Мерсер и др.) в «семитскую в широком смысле» группу языков.