Именно в этот момент И. М. Лекс и прибыл в Египет. От позиции российской дипломатии во многом зависело разрешение создавшейся конфликтной ситуации, судьба Патриарха Никанора и его сторонников, самостоятельность Александрийской Церкви. Но оказалось, что среди российских дипломатов не было единства в этом вопросе. Посол в Константинополе Н. П. Игнатьев был настроен на поддержку партии Никанора, а И. М. Лекс, несмотря на прежнюю дружбу с Игнатьевым, придерживался самостоятельной политической линии, поддержав противников Патриарха. Это не было нарушением субординации, поскольку российские консулы в Османской империи подчинялись не только послу, но и напрямую Азиатскому департаменту[17].
Отсутствие единой политической линии у русских дипломатов делало невозможным выгодное России и, следовательно, Александрийской Церкви разрешение конфликта. И сторонники Патриарха Никанора, и его противники потерпели поражение. Победителем стала третья сторона – Константинопольская Патриархия, вмешательство которой и решило вопрос о новом Александрийском Патриархе. Им надолго стал бывший Константинопольский Патриарх Софроний. Движение Александрийской Церкви на пути к самостоятельности остановилось.
Похожим образом и по тем же причинам обострились отношения между Церковью и мирянами и у армян. Однако такой острой формы, как у греков, этот конфликт не приобрел.
Тема борьбы за Патриарший Престол в Александрийской Церкви был одним из основных в письмах Лекса тех лет. Но с церковными отношениями были связаны и другие проблемы. Прибытие Лекса в Египет произошло в момент очередного обострения синайского вопроса, любопытные подробности которого запечатлены на страницах писем к Н. П. Игнатьеву.
Синайский вопрос представлял собой многовековой спор о том, какой Церкви – Александрийской или Иерусалимской – должен подчиняться монастырь Св. Екатерины на горе Синай и его подворье в Каире. Традиционно Синайский монастырь входил в юрисдикцию Иерусалимской Патриархии, со временем приобрел автономию в ее составе. Настоятель монастыря возводился в сан архиепископа. Однако Александрийские Патриархи были этим недовольны, полагая, что монастырь и, во всяком случае, его подворье находятся на его территории. Многочисленные конфликты между двумя Церквами часто приходилось улаживать при посредничестве Константинопольского Патриарха.