Эти предложения были поддержаны Ф. Э. Дзержинским и НКВД приступил к подготовке проектов Декрета и Положения об объединении войск. Уже 26 мая 1919 г. коллегия НКВД под председательством М. Ф. Владимирского, рассмотрев вопрос «Об объединении войск Республики особого назначения, находившихся в ведении различных Наркоматов, под общим управлением Наркомвнудела», постановила одобрить проекты Декрета и Положения об объединении войск.36
В этот же день проект Положения об объединении войск был рассмотрен на заседении СРКО и постановлением СРКО для его доработки была создана комиссия, в составе: К.М.Валобуев37 (председатель), А. Морозов – от Наркомторгпрома, Н. Раттель – от Наркомвоендел, Бальбатов – от НКПС.38
Проект Декрета об объединении войск особого назначения был рассмотрен на заседании СРКО 28 мая, причем этот вопрос был первым в повестке дня. После обсуждения проекта В. И. Ленин внес в него несколько поправок, отредактировал текст и подписал Декрет.39
Таким образом, Декретом от 28 мая 1919 г. был создан самостоятельный вид Вооруженных сил – войска внутренней охраны республики (войска ВОХР), в состав которых помимо войск ВЧК вошли все вспомогательные войска, состоявшие в распоряжении отдельных ведомств (Наркомпрода, Главода, Главсахара, Центротекстиля и др.), кроме пограничной охраны, войск охраны и обороны железных дорог (железнодорожной охраны) и конвойной стражи.40
Согласно Декрета, войска ВОХР находились подчинении НКВД, а штаб войск ВЧК преобразовывался в штаб войск ВОХР.41 Начальником войск ВОХР с 10 июня 1919 г. был К. М. Валобуев, 16 апреля 1920 г. его сменил В. С. Корнев42, который одновременно являлся и заместителем наркома внутренних дел по управлению войсками ВОХР. Но фактическое руководство войсками ВОХР осуществлял созданный 21 октября 1919 г. Военный совет войск ВОХР во главе с Ф. Э. Дзержинским.
Во исполнения Декрета, войска ВОХР были переформированы по типовым штатам в батальоны и бригады, а для лучшего управления ими, применительно к границам военных округов, территория республики была разделена была на 12 секторов, в каждом из которых был создан штаб. Однако батальоны ВЧК, которых было более 40, в составе войск ВОХР сохранили некоторую самостоятельность – в оперативном отношении они подчинялись председателю ГубЧК, а командиры бригад и секторов войск ВОХР могли их использовать или передислоцировать только с ведома председателя ВЧК или местных ЧК.