8 июля 1919 г. к Л. Д. Троцкому с такой же просьбой снова обратился Нарком Л. Б. Красин. Сообщая о переформировании пограничных войск по штатам красноармейских частей, Л. Б. Красин просил обратить внимание на необходимость защиты пограничных интересов республики и сохранить пограничные войска в их организации и номенклатуре, не допуская их расформирования для укомплектования частей РККА, так как в этих условиях погранвойска, соответствующие в настоящее время в полной мере требованиям военного ведомства, в будущем окажутся в полной готовности выполнить свое специальное назначение.45
Однако военное ведомство, решающее военные задачи, не учитывало потребность в сохранении пограничных частей для послевоенной охраны границы и в июле 1919 г. Главнокомандующий РККА Л. Д. Троцкий представил в СРКО предложение о полной передаче пограничных частей в распоряжение Наркомвоендела для переформирования их в стрелковые дивизии. 11 июля 1919 г. это предложение было рассмотрено на заседании СРКО под председательством В. И. Ленина.46
Хотя на этом заседании не было принято окончательного решения, но была создана специальная комиссия из представителей Наркомторгпрома, военного ведомства и Государственного контроля, которой поручалось дополнительно изучить этот вопрос. 18 июля 1919 г. комиссия доложила свои выводы СРКО, который в этот же день принял постановление «О передаче пограничных войск в ведение Народного комиссариата по военным делам»:
«1. Все пограничные войска на время военных действий передать в полное ведение Народного комиссариата по военным делам.47…
5. Главное управление пограничных войск расформировать. Для разрешения вопросов пограничного надзора оставить из состава Главного управления не более пяти военных специалистов и необходимое количество сотрудников, число которых определить соглашением Народного комиссариата торговли и промышленности с Государственным контролем».48
Во исполнение этого постановления, Коллегия Наркомторгпрома 4 сентября 1919 г. приняла постановление о расформировании Военного совета пограничных войск и ГУПВ и учреждении при Наркомторпроме Отдела пограничного надзора, на который возлагалось руководство борьбой с нарушителями границы и контрабандой на тех участках государственной границы, где не велись боевые действия.