11 сентября 1919 г. эти постановления были объявлены пограничным войскам приказом ГУПВ №6450, а 15 сентября ГУПВ и Военный совет пограничных войск были упразднены.51 Вместо них в Наркомторгпроме был создан Отдел пограничного надзора, который существовал до июля 1920 г.
Таким образом, в сентябре 1919 г. части пограничных войск были переданы в состав действующей армии, а войсковая охрана границы была возложена на части РККА, т.е. повторялся печальный опыт I мировой войны, когда части пограничной охраны оказались растворены в военных структурах, вследствие чего впоследствии пришлось заново создавать пограничную службу.
Военизации пограничной охраны способствовала и позиция некоторых руководителей пограничной охраны, которые рассматривали деятельность частей пограничной охраны в качестве временной помощи таможне в борьбе с контрабандистами и перебежчиками. Так, еще в октябре 1918 г. военные комиссары ГУПВ П. Ф. Федотов и В. Д. Фролов предлагали передать пограничную охрану военному ведомству, так как пограничники являются военной силой, которая временно используется для охраны границы и задерживания контрабанды и перебежчиков.
Развивая идею о подчинении пограничной охраны командованию РККА, некоторые военачальники предлагали и вовсе расформировать пограничные части. Например, 24 июля 1919 г. командование 5-й армии направило телеграмму командованию Западного фронта с предложением о расформировании пограничных войск и пополнении ими частей РККА, так как «прошлое погранчастей не связано с какими-либо особыми традициями и воспоминаниями, по которым расформирование пограничных частей было бы нежелательно».52 К счастью, это предложение не было реализовано.
Несмотря на принятие СРКО постановления «О передаче пограничных войск в ведение Народного комиссариата по военным делам» и упразднение 15 сентября 1919 г. ГУПВ и Военного совета пограничных войск, 24 сентября 1919 г. Нарком Л. Б. Красин в очередной раз обратился в РВСР с письмом, в котором указывал, что осуществлять охрану государственной границы без пограничной охраны нельзя: «Тайный провоз грузов от нас и к нам, как равно и тайный переход со спекулятивными целями лиц, а равно и шпионов, агентов Антанты и т.п., через границы Советской Республики на их тысячеверстном расстоянии не только должны убить нашу национализированную внешнюю и внутреннюю торговлю, но и вообще должны нанести неисчислимый вред и без того обескровленной России.