Наполеон же прусский ультиматум оставил без ответа, и немедленно атаковал прусские войска. И уже 14 октября 1806 года Наполеон нанёс пруссакам жестокое поражение при Йене, а маршал Даву при Ауэрштедте.
В результате этих сражений пруссаки потеряли более 20000 человек убитыми и ранеными, 18000 пленными. Большая часть прусской артиллерии оказалась в руках французов.
27 октября, то есть менее чем через две недели после Йенской катастрофы, император французов с триумфом въехал в Берлин. Моральное состояние пруссаков было столь сильно подавлено, что всего через месяц после начала войны, то есть 8 ноября 1806 года Наполеону сдался хорошо укреплённый Магдебург. Кроме того, с 15 октября по 5 января 1807 года французам сдались крепости: Эрфурт, Шпандау, Штеттин, Кюстрин, Ченстохова, Хамельн, форт Плассенбург, Глогау и Бреславль. Пруссия пала. Победа французского оружия в кампании 1806 года была полной, сокрушительной и безоговорочной. Правительство, генералитет и народ Пруссии были подавлены и отказались от дальнейшего сопротивления Наполеону. В руках пруссаков остались лишь две крепости в северо-восточном углу королевства – Данциг и Кёнигсберг, позади которых Фридриху Вильгельму и пришлось укрыться в маленьком городке Мемеле на Немане у самой русской границы.
После разгрома Пруссии противником Франции оставалась только Россия. Решительность Александра I в продолжении войны теперь обусловливалась более вескими причинами, чем в 1805 году. Продвижение французских войск на восток от Берлина довольно явственно грозило русским границам. Кроме того, к Наполеону явилась делегация поляков с просьбой восстановить самостоятельность Польши. А это уже прямым образом затрагивало политические интересы России. Наконец, Александр I, будучи прозорливым политиком, прекрасно понимал, что после объявления 21 ноября 1806 года континентальной блокады Англии Наполеон не остановится, пока не заставит Россию примкнуть к ней. А это грозило экономическим интересам Российской империи, которая была связана крепкими торговыми узами с Англией, куда поставлялось большинство русской сельскохозяйственной продукции.
На этот раз русская армия была подготовлена к войне намного лучше, чем в предыдущую кампанию. 3 ноября 1806 года на помощь уже разгромленной Пруссии был отправлен 60-тысячный русский корпус под командованием генерала Беннигсена, а чуть позже 40-тысячный корпус генерала Буксгевдена. Активные действия начались в конце осени 1806 года, когда французские войска вторглись в Польшу. Русская армия в это время заканчивала сосредоточение в районе Пултуск, Остроленка, Брест-Литовск. Упредив её в занятии переправ на реке Висла, Наполеон решил окружить и уничтожить русских в районе Голымина (северо-западнее Пултуска), где, по ошибочным данным французской разведки, она якобы находилась. Исходя из этого замысла, Наполеон двинулся со своими главными силами на Голымин, а правофланговый корпус маршала Ланна направил к Пултуску с задачей выйти в тыл русским и отрезать их от переправ через реку Нарев. Но, достигнув утром 14 (26) декабря Пултуска, Ланн неожиданно натолкнулся на русский корпус Беннигсена. Корпус Ланна вместе с подошедшей вскоре на помощь пехотной дивизии из корпуса маршала Даву насчитывал 30—35 тысяч человек и 120 орудий. Оттеснив кавалерию, французы после короткой артиллерийской подготовки атаковали русские отряды Барклая де Толли и Багговута. В ходе упорного боя русским удалось отразить несколько атак французов. Получив подкрепления Ланн атаковал в третий раз. В ходе ожесточенного боя французы овладели деревней Мошино, но стремительной контратакой русским удалось вернуть утерянные позиции. Неудачей закончились атаки французов против левого крыла русских и в центре. Заметив перелом в ходе сражения, Беннигсен усилил левый фланг резервом, а на правый направил 20 эскадронов кавалерии и приказал войскам контратаковать противника по всему фронту. Общей атаке русских войск предшествовал короткий, но мощный огневой удар всей артиллерии по боевым порядкам противника. Ожесточённый бой с переменным успехом длился несколько часов. Лишь к вечеру сопротивление французов было сломлено, и они отступили. Однако ночью Беннигсен получил донесение о движении крупных сил противника в обход его корпуса с севера. В связи с этим утром 15 (27) декабря 1806 года Беннигсен, опасаясь окружения, приказал войскам отступить к Остроленке. Таким образом, в результате сражения под Пултуском был сорван план Наполеона – отрезать русскую армию от реки Нарев и окружить её.