Когда воины вошли в храм, помимо Захарии там были и другие священники, множество книжников и законоучителей. Все они были врагами Захарии. Они желали ему зла из-за того, что при богослужении он, как им казалось, нарушал храмовый обряд.
Воины обратились к Захарии с вопросом о его сыне и объявили ему волю царя Ирода. Он ответил им:
– Бог да будет свидетелем истинности моих слов. Я не знаю, где мой сын. Вы можете пролить здесь мою кровь. Но это будет невинная кровь, и Господь воздаст вам за это.
Все враги Захарии обрадовались такому случаю. Они разом закричали, что он говорит неправду и скрывает сына от царя. Тогда воины выхватили мечи и закололи Захарию.
Седой старец упал. Его невинная кровь пролилась на мраморный пол между завесой святилища и жертвенником.
Между тем мать Иоанна, чудесно спасённая Господом, решила не возвращаться в Иутту. Она поселилась на горе в пещере. Перед входом в эту пещеру росло фиговое дерево, обильно покрытое плодами, а внизу журчал родник. Мать и дитя были обеспечены водой и пропитанием.
Потеря любимого мужа и страх за сына надломили силы Елисаветы. После мученической кончины Захарии она прожила лишь сорок дней и умерла. Малютка Иоанн остался круглым сиротой, один, без взрослых. Но Господь заботился о младенце. Он повелел Ангелу хранить, кормить, поить и воспитать мальчика в уединённой горной пещере.
С самого рождения Иоанн был исполнен Святого Духа. Так предсказал Архангел Гавриил его отцу Захарии. Кроме того, Иоанн был посвящён Богу и с самых ранних лет встал на путь святого подвижничества. Святой Дух укреплял его ум и сердце, призывая на самоотверженное служение Господу.
В иорданских скалах доныне сохранился грот с узким входом. К нему ведут высеченные в камне ступени. Два небольших окошка пропускают свет в эту небольшую пещеру. В ней Иоанн провел юность и первую молодость. Здесь, в глухой пустыне, вдали от людей, среди хищных зверей он жил и молился. Питался он мёдом диких пчёл и большими сушёными насекомыми вроде саранчи.
Иоанн был высокий, худой, у него были длинные чёрные волосы и блестящие глаза. Он носил очень бедную одежду: длинную рубаху из верблюжьей шерсти, подпоясанную кожаным поясом.
Приближалось время служения Иисуса Христа. Иоанн получил от Бога повеление спуститься с горы и явиться среди людей. Он должен был возвестить народу, что Господь ждёт от всех покаяния в грехах.