В октябре 1963 года, по рекомендации Целинного крайкома КП Казахстана, он был избран первым секретарём Костанайского горкома партии. В этой должности он трудился более 11-ти лет. За этот период, при активном содействии руководства Республики, Костанайского обкома и облисполкома, трудящиеся города своим созидательным трудом превратили Костанай в крупный благоустроенный город, центр Костанайской области с развитым промышленным и сельскохозяйственным производством.
В мае 1976 года с должности второго секретаря Костанайского обкома партии, которую он занимал чуть более года, Ш.Ж. Жаныбеков был выдвинут Заместителем Председателя Совета Министров Казахской ССР. Ему было поручено заниматься вопросами развития культуры, образования, здравоохранения и других социальных проблем. Ему пришлось курировать работу средств массовой информации, работу творческих союзов и других общественных организаций.
Как известно, продолжительное пребывание в составе республиканского руководства, участие вреализации принятыхрешений по развитию экономики и культуры, жилищно-бытовых условий населения способствуют расширению кругозора у государственных служащих, накоплению опыта работы с людьми, повышают у них чувство ответственности за порученное дело.
Ш.Ж. Жаныбеков в указанной должности напряженно трудился около 9-ти лет. В январе 1985 года, после достижения определённого возраста, ему была назначена персональная пенсия.
Будучи на пенсии, с августа 1985 года по декабрь 1993 года, Ш.Ж. Жаныбеков возглавлял общество «Казахстан», занимавшееся налаживанием культурных связей с зарубежной казахской диаспорой. Одновременно с этим, с марта 1987 года в течении трех лет, на общественных началах работал Председателем вновь созданного республиканского Совета ветеранов войны и труда.
В период своей трудовой и общественной деятельности Ш.Ж. Жаныбеков неоднократно избирался в состав партийных и советских органов Рудного, Костаная, Костанайской области и бывшего Целинного края.
На XIII, XIV и XV съездах Компартии Казахстана избирался членом её ЦК, был депутатом Верховного Совета Казахской ССР VII, VIII, IX и X съездов (с 1967 по 1985 годы), а в 1989 году стал Народным депутатом СССР, был членом Совета национальностей Верховного Совета СССР.
За свои боевые и трудовые заслуги Ш.Ж. Жаныбеков награждён орденами «Октябрьской революции», «Отечественной войны II степени», четырьмя орденами «Трудового красного знамени», орденом «Дружбы народов», двумя боевыми медалями «За отвагу», чехословацкой медалью «За активное участие в антифашистской борьбе», рядом других юбилейных и памятных наград. В 1995 году в связи с 50-летним юбилеем Победы в Великой Отечественной войне Президент Казахстана Н.А. Назарбаев вручил ему орден «Парасат», а Министр обороны Республики присвоил звание полковника. Он удостоен двух Почётных грамот Верховного Совета Казахской ССР. Ему присвоено звание почёт- ного гражданина городов Рудный и Костанай.