В первые месяцы войны 15 600 человек – практически всё мужское население Карачаевской автономной области (КАО), было призвано в ряды Красной Армии. Кроме того, на строительство оборонительных рубежей было мобилизовано более 2 тысяч женщин и стариков.
С12 августа 1942 года по 18 января 1943 года территория КАО была оккупирована фашистами. За это время фашисты уничтожили и вывезли 150 тысяч голов скота.
Партизанское антигерманское движение было пресечено, чему активно способствовал созданный Карачаевский национальный комитет. После отступления немцев, в январе – феврале 1943 г. этот комитет организовал восстание в Учкулакском районе.
После того, как город Микоян-Шахар (современный г. Карачаевск) был освобождён, операциями по борьбе с антисоветскими партизанами (в частности, с Балыкской армией в верховьях реки Малки) руководил лично заместитель Берии – Иван Серов.
Однако это движение не носило массового характера и не поддерживалось большинством карачаевского народа.
После разгона мятежников осудили 449 человек. 9 августа за пределы области было выслано 442 чел. карачаевских «бандглаварей». Обычная и средняя цифра для того времени для всех освобождаемых районов Союза!
И вдруг – ни с того, ни с сего принимается решение на высшем уровне о депортации целого народа! Депортация началась 2 ноября 1943 г. Было выселено 69 тысяч 267 чел. в Казахстан, Таджикистан, Иркутскую область и на Дальний Восток (2543 карачаевца было через спецкомендатуру арестовано в Красной Армии).
В силовой операции были задействованы войсковые соединения численностью 54 тыс. чел. (генерал Харьков, полковник Котляр, подполковник Кринкин).
Более 43 тысяч человек, в том числе 22 тыс. детей карачаевцев погибли в дороге, а также в местах переселения!
Сталин безжалостно раскроил территорию КАО. Вся территория области (9 тыс. кв. км.) была поделена между Ставропольским краем (Зеленчукский, Усть-Джегутинский и Кисловодский р-н), Краснодарским краем (Преградненский р-н) и Грузинской ССР (Учкуланский и Микояновский р-ны).
Столица КАО – г. Карачаевск, был переименован в г. Клухори.
14 ноября 1989 года Декларацией Верховного Совета СССР были реабилитированы все репрессированные народы. Политике клеветы, геноцида, режима террора, насилия пришёл конец!
3 мая в Карачаево-Черкесии объявлено Днём возрождения. Именно в этот день пришёл в 1957 году первый эшелон в Черкесск из депортации.