Отучившись на медицинском факультете Киевского университета, ко всеобщему удивлению, заявил о намерении стать земским врачом: «Я изучал медицину с исключительной целью: быть всю жизнь земским, мужицким врачом».
Ещё в Киевском госпитале Красного Креста Валентин познакомился с сестрой милосердия Анной Васильевной Ланской, которую называли «святой сестрой» за доброту, кротость и глубокую веру в Бога, к тому же она дала обет безбрачия. Её руки просили два врача, но она отказывала. А Валентин сумел добиться её расположения, и в конце 1904 года они обвенчались в церкви, построенной декабристами. Позже она помогала мужу вести прием больных, вела истории болезней.
Далее судьба забрасывает начинающего врача в самые разные уголки огромной страны: Симбирская губерния (Ардатов, нынешняя Мордовия), Курская губерния, Москва, Саратовская. Владимирская. Занятия наукой, первые публикации.
В начале революционного 1917 года уже профессор Войно-Ясенецкий побеждает в конкурсе на должность главного врача Ташкентской городской больницы. Дело в том, что он обнаружил у жены признаки туберкулёза лёгких. А поскольку в те времена у врачей бытовала уверенность, что туберкулёз можно вылечить климатическими мерами, сухой и жаркий климат Средней Азии в этом случае подходил идеально.
Однако через два года супруга умирает, он остается с четырьмя детьми, старшему из которых было 12, а младшему – 6 лет. Усугубил положение арест доктора новыми властями – за тайное лечение одного из участников подавленного антибольшевистского восстания.
И хотя профессора освободили, после кончины супруги религиозные взгляды профессора укрепились. Он и раньше посещал богослужения, и когда эпископ Туркестанский и Ташкентский Иннокентий предложил Валентину Феликсовичу стать священником, он сразу же согласился. Уже через неделю Войно-Ясенецкий был посвящён в чтеца, певца и подьякона, затем – в дьякона и в иерея.
И в больницу, и в университет отец Валентин стал приходить в рясе с крестом на груди, кроме того он установил в операционной иконы Божьей Матери и стал молиться перед началом операции. Вскоре он был назначен четвёртым священником собора, служил по воскресеньям и на него легла обязанность проповеди.
В 1923 году Войно-Ясенецкий был пострижен в монахи, а спустя некоторое время рукоположен в сан эпископа. Из университета он был вынужден уйти – и тут же был арестован. Так началась его первая ссылка – в Енисейск, именно там ему и пришлось сделать памятную операцию по пересадке почки.