Успехи «ан-Нусры» мотивировали повстанцев создавать новые группы, как например, «Исламский фронт», «Сыновья исламского движения», «Армия таухида», «Бригады аль-Ансара» и т. д. Центром радикалов в провинции стала местность аль-Шахиль. Так продолжаюсь до апреля 2013 года.
В это время лидер «Исламского государства Ирака и Леванта» Абу Бакр аль-Багдади вспомнил о том, что Абу Мухаммад аль-Джолани, лидер «Джабхат ан-Нусры» формально находится в его подчинении. Оценив успехи его нового предприятия в Сирии, аль-Багдади призывает Джолани кончать с самодеятельностью, распустить «ан-Нусру» и влиться в ряды «ИГИЛ». Джолани предложение не оценил и призвал на помощь аз-Завахири, зама Бен Ладена в руководстве «Аль-Киады». Завахири попытался помирить стороны, по-братски отписав Сирию «Нусре», а Ирак – «ИГИЛ». Аль-Багдади такого решения не признал и объявил «Нусру» вместе с Джолани нарушителями клятвы, раскольниками и так далее. Начался конфликт между радикалами, который в январе-феврале 2014 года перерос в полномасштабные боевые действия. Не остались в стороне и местные племена. Племя Шейтат поддержало «Нусру», а «ИГ» в свою очередь поддержало племя аль-Бакир.
Если поначалу «Нусре» при поддержке других оппозиционных организаций удалось выбить «игиловцев» из их опорных пунктов, то уже летом 2014 ситуация кардинально поменялась. Успешно завершив операцию в Мосуле, прибарахлившись отжатым у иракской армии оружием (тысячи единиц военной техники, в том числе такни, РСЗО, артиллерия), бойцы «ИГ» (тогда «ИГИЛ» уже стало «Исламским государством») решили вернуть должок. Всего за месяц бойцы «ИГ» полностью выбивают из провинции повстанцев и берут под свой контроль город15. К новой власти быстро присоединяются племена Баггара, Эджидат, Джаббур и Бу Шаан16. Около 700 членов племени Шейтат были казнены за сотрудничество с «Нусрой». Но разогнав повстанцев, «ИГ» уперлось в позиции правительственных войск, которые контролировали аэродром и окрестности. Попытавшись пару раз взять последние с наскока, «ИГ» начинает трехлетнюю осаду.
В окружении оказались до 5 тыс. бойцов правительственных сил из 104-й воздушно-десантной бригады Республиканской гвардии, 137-й и 123-й механизированных бригад, частей 119-го и 71-го полков, 8-го отряда ВВС. Обороной командовал генерал-майор республиканской гвардии, друз по национальности Иссам Захредин (погиб после деблокады Дейр эз-Зора, 18 октября 2017).