В конце XIII века монгольские правители Китая дважды пытались вторгнуться в Японию. Моментально позабыв о внутренних распрях, воины Японии отразили нападение монгольского флота. Вторая же экспедиция монголов стала жертвой сильнейшего урагана, камикадзе, «божественного ветра», который, по поверьям, защитил священную землю Ямато. События эти оставили глубокий след в душах самураев и подорвали военный порядок в стране. Как и в древней, еще племенной Японии, в Японии феодальной традиционной наградой за победу являлась захваченная земля; но поражение монголов не принесло никаких территорий, которыми можно было бы вознаградить за службу воинов.
В результате возникшее недовольство усилило существовавшие внутри военной феодальной машины трения, что в конце концов привело к крушению правящей династии сёгунов в XIV столетии. Ее место занял новый сёгунат, который в императорской столице Киото провозгласил другой военный клан и его союзники. Второй сёгунат так и не достиг той степени политического и военного могущества, которое имел в период своего расцвета его предшественник, зато он пошел гораздо дальше первого в практике покровительства дзэн-буддизму и связанным с ним изящным искусствам. По настоянию одного из ведущих дзэнских наставников сёгуны Киото восстановили контакты с Китаем.
Однако политическая раздробленность, характерная для той эпохи, по-прежнему сеяла семена раздоров между местными правителями. Слабость землевладельцев и растущие амбиции вассалов постоянно разжигали войны между самураями различных рангов. Последняя треть XV века и практически весь век XVI наблюдали непрекращавшуюся гражданскую войну. Японские историки говорят о перипетиях той эпохи гэ коку дзё, «низшие превосходят высших», поскольку древние воинские дома и альянсы военных кланов подвергались ожесточенным нападкам и свергались более «голодными» самураями, занимавшими низшие ступени иерархии.
Несмотря на бесконечные смуты этого времени, получившего название эпохи Воюющих царств, отдельные даймё брали на себя инициативу ведения внешней торговли. За столетия войн и правления самураев Япония разработала лучшую, как считалось, в Азии технологию производства мечей и в огромных количествах экспортировала великолепные стальные лезвия в минский Китай, в котором тоже полыхал огонь внутренней войны. Японские грабители и пираты (вако) пользовались дурной славой у жителей побережья Китая и Юго-Восточной Азии, где вдоль важнейших торговых маршрутов были основаны японские колонии.