Внезапно на всех обрушилась неизлечимая болезнь императора Александра III, старшего брата Сергея. Государь скончался в Ливадии 20 октября 1894 года. В эти печальные дни Елизавета Федоровна была рядом с мужем – сначала в Крыму, затем в Петербурге, где проходили торжественные похороны царя, а для них – дорогого Саши.
Вскоре после похорон в Петербурге состоялось бракосочетание молодого императора Николая II и двадцатидвухлетней Аликс, отныне Александры Федоровны Романовой. В связи с трауром свадебная церемония была насколько возможно скромной.
«Ее обращение в Православие прошло прекрасно… Поддержкой было то, что она после этого приняла Святое Причастие вместе с Ники, Минни и со мной», – писала Елизавета Федоровна бабушке о свадьбе младшей сестры. – Это дало нам силы, чтобы пройти через это тяжелое время… Вся страна оплакивает своего любимого Миротворца, как называют Сашу, и выражают сочувствие этой молодой паре, которая, начиная свою новую жизнь у смертного ложа, показывает такую свою глубокую религиозность».
Весной 1896 года, в день Святителя Николая Чудотворца царская чета торжественно въехала в Москву. 14 мая состоялась пышная коронация императора Николая II и императрицы Александры Федоровны. Торжество омрачилось трагедией на Ходынском поле: на народных гуляньях с раздачей подарков и угощениями началась страшная давка, множество людей были задавлены насмерть или ранены. И хотя организацией празднеств в честь коронации, в основном, занималось министерство Императорского двора, в трагедии на Ходынском поле обвиняли и московского генерал-губернатора. Обстановка в Москве накалялась, волны недоброжелательности к властям проникали в частную жизнь. В высшем свете обсуждали отношения супруги столичного градоначальника и императрицы, распускали слухи об их тайном соперничестве.
В феврале 1901 года террорист смертельно ранил министра просвещения Николая Петровича Боголепова, а спустя всего несколько дней в Санкт-Петербурге было совершено покушение (к счастью, неудачное) на обер-прокурора Святейшего Синода Константина Петровича Победоносцева, известного своими монархическими и патриотическими взглядами. Победоносцев был учителем великого князя Сергея Александровича, в политических взглядах они являлись единомышленниками.
В апреле 1902 года новой жертвой террора стал министр внутренних дел Дмитрий Сергеевич Сипягин. Убийца нагло явился к нему под видом адъютанта московского генерал-губернатора и со словами «Вам срочный пакет от великого князя Сергея Александровича» выстрелил в министра в упор.