В связи с Фландрской трансгрессией Средиземного моря (вторая половина 4 т.д.н.э.), сток Нила был мощнее. Археологический материал свидетельствует в пользу нерегулярной заселенности берегов Нила в додинастическом Верхнем Египте. Одной из причин этого могли быть неблагоприятные для жизни людей природные условия в нильской пойме, прежде всего очень сильные разливы, которые снижали доступность пойменных земель и могли явиться естественной предпосылкой их не сплошного, а избирательного освоения доисторическим населением. Кризис конца I – начала II династии хронологически коррелирует с завершением значительного понижения пойменной террасы и, стока Нила, которое должно было преобразить вмещающий ландшафт.
Страбон. «География.1.3.4. Может быть, и храм Аммона, прежде находившийся на берегу моря, теперь лежит в центре страны вследствие того, что произошел отлив морских вод… Египет в древности был покрыт морем вплоть до болот в Пелусийской области, горы Касия и Сирбонийского озера… Сирбонийское озеро осталось; затем и оно прорвалось к морю и превратилось в болото. Таким образом, берега так называемого озера Мериды имеют больше сходства с морскими берегами, чем с берегами реки.
17. …По этому поводу он упоминает сообщение Демокла, который рассказывает о нескольких больших землетрясениях; одни из них происходили в древности в Лидии и Ионии в царствование Тантала и поглотили не только селения, но и разрушили гору Сипил; из болот там возникли озера, а Трою затопило волнами. Фарос в Египте некогда был морским островом, теперь же он каким-то образом превратился в полуостров, как Тир и Клазомены. Во время моего пребывания в Александрии египетской море около Пелусия и горы Касия поднялось и затопило страну, превратив эту гору в остров, так что дорога, идущая мимо Касия в Финикию, стала проходимой для судов».
В Египте в пределах большей части страны климат жаркий, с редкими случайными осадками и ничтожной облачностью, даже обычные дожди выпадают иногда с промежутками в пять лет. Средние температуры самого холодного месяца (январь) 11—15°С, самого тёплого (июль) 25—34°С. Годовая сумма средних суточных температур составляет 7000—9000°, что обеспечивает, при наличии влаги, выращивание в течение года нескольких урожаев, включая самые теплолюбивые. Однако на большей части территории земледелие невозможно без искусственного орошения. Только в отдельных районах, примыкающих к Средиземному морю, количество осадков возрастает до 200—400 мм в год и приходится главным образом на зимние месяцы. Для весны характерен сильный, сухой и жаркий южный или юго-западный ветер хамсин, дующий из Сахары около 50 дней.