Отец Амвросий начал посылать сюда женщин, оставшихся без средств к существованию, одиноких, не имеющих пристанища и сил для работы. Из сирот и брошенных детей составился Шамординский приют. Вскоре в монастыре обитало уже более пятисот сестёр.
В 1885 году в монастыре случился пожар. Единственный колодец находился внизу, под крутым холмом, и в результате деревянная обитель выгорела дотла. 8 июля 1889 года была совершена закладка грандиозного каменного соборного храма на месте бывшего деревянного. Для строительства был даже специально построен кирпичный завод. Строился новый храм на деньги чаеторговца С. В. Перлова, того самого, который через несколько лет построит в Москве на Мясницкой знаменитый чайный дом – трёхэтажную «пагоду» с драконами, змеями, орнаментами и фонариками на фасадах, до сих пор радующими своим великолепием глаза москвичей. Кроме главного храма – Казанского, поражавшего своими масштабами и великолепием, были возведены усыпальница, трапезная, больница, корпус для сестёр. Все постройки были выполнены добротно, из красного кирпича, в так называемом «русском стиле».
В 1890 году старец Амвросий скончался, и монастырь наверняка захирел бы, если бы не продолжавшаяся очень действенная помощь С. В. Перлова. Думал Сергей Васильевич и о том, чтобы монастырь сам начал зарабатывать деньги, чтобы после его ухода из жизни ничто не могло угрожать благополучию его обитателей.
Для этого Перлов обустроил для сестёр всевозможные мастерские: нанял обучающих мастеров, присылал всякие пособия и инструменты. К началу XX века в обители было 800 насельниц. Помимо подсобного хозяйства сёстры трудились в мастерских: иконописной, золотошвейной, башмачной, занимались фотографией, гончарным делом, ковроткачеством. Имелись в монастыре своя типография и свой кирпичный завод. При обители существовали приют для девочек-сирот, приют для калек и убогих, женская богадельня, больница и странноприимный дом.
Сергей Васильевич Перлов умер в 1911 году и был похоронен в Шамординском монастыре.
Вот в этом монастыре и провела двадцать один год Мария Николаевна Толстая (1830–1912) – младшая сестра Л. Н. Толстого. Местные жители рассказывают, что когда Лев Николаевич приехал в Шамордино первый раз, он спросил у Марии Николаевны: «И сколько же вас, дур, здесь живёт?» Она ответила: «Семьсот», и в следующую встречу подарила ему подушечку с вышивкой: «Одна из семисот Шамординских дур». Тогда, в первое посещение Шамордина, он вчерне написал здесь повесть «Хаджи-Мурат».