Сталин понимал непригодность Ворошилова как военного специалиста. Его выбор носил чисто политический характер. Однако в России пост военного министра всегда имел большее значение, чем в европейских странах, где это ведомство отвечало лишь за перевооружение и снабжение армии, а действительно стратегические задачи решал Генеральный штаб. Главный штаб в России большую часть своего существования напрямую подчинялся военному министру. Подобная практика перешла и в советское время. Наркому обороны подчинился и Генеральный штаб РККА, во главе которого стояли бывшие офицеры старой русской армии С.С.Каменев (1925), М.Н.Тухачевский (ноябрь 1925 – май 1928), Б.М.Шапошников (май 1928 – июнь 1931), А.И.Егоров (июнь 1931 – сентябрь 1935) и вновь Б.М.Шапошников (май 1937 – январь 1940).
Сталин понимал необходимость нахождения во главе такого специфического органа как Генеральный штаб компетентных специалистов, не склонных к политическим играм. Однако, как вскоре выяснилось, и эти лица не были лишены политического авантюризма.
Прежде всего к таким лицам относился Тухачевский, занявший пост начальника Генерального штаба в середине 1920-х годов. Тухачевский настаивал на коренной модернизации Красной Армии, увеличении выпуска танков и артиллерии едва ли не в четыре раза, не считаясь с затратами и уровнем производства. Он взял на себя смелость выработки военной доктрины, указывая на будущих союзников и противников Советской России. По давней традиции, военным, даже находящимся на высоких постах, залезать в политику не полагалось. Сталин отстранил Тухачевского с поста начальника Генерального штаба и направил командовать войсками Ленинградского военного округа.
С именем Тухачевского связана и очередная полоса репрессий, прокатившаяся по Красной Армии в конце 1920-х – начале 1930-х годов. Жертвой этих репрессий стали прежде всего военные специалисты, преподаватели военных академий А.А.Свечин, А.И.Верховский, Н.Е.Какурин, А.Е.Снесарев. Незадолго до начала репрессий между ними и Тухачевским проводилась широкая дискуссия о характере будущей войны. Профессора военных академий во главе со Свечиным настаивали на проведении «Стратегии измора» противника, что шло вразрез с пропагандировавшейся Тухачевским «Стратегии сокрушения». Начальник Генерального штаба развернул целую кампанию против Свечина, обвинив его в том, что «он является агентом интервенции империализма, что он фактически подводит Красную Армию под поражение».