К своему удивлению Сталин узнал, что ни Генеральный штаб во главе с Мерецковым, ни командующий Западным Особым военным округом генерал Д.Г.Павлов, играющий за «восточных», то есть за Красную Армию, не готовы к варианту событий, в котором превентивный удар наносили германские войска – в игре их представлял Жуков, руководивший «западными».
Сталин заменил Мерецкова Жуковым на посту начальника Генерального штаба, переведя Мерецкова на пост заместителя начальника Генерального штаба по боевой подготовке.
Новый начальник Генерального штаба окончательно лишил свое ведомство функций «мозга армии» и занялся лишь вопросами мобилизации и распределения ресурсов по войскам, начавшим скрытно стягиваться к советско-германской границе. Но Сталину прежний Генеральный штаб уже не был нужен, ведь стратегию вырабатывал он сам.
И все же первый удар Гитлера смешал военным все их карты. Уже 22 июня 1941 года Генеральным штабом был подготовлен проект указа о проведении всеобщей мобилизации и образовании Ставки, которую должен был возглавить непосредственно Сталин. Однако он не согласился принимать эту должность, и председателем Ставки Главного Командования был назначен нарком обороны Маршал Советского Союза С.К.Тимошенко.
Скоро Сталину пришлось пожалеть об этом назначении. Прежде всего, Тимошенко мог распоряжаться лишь войсками, с которыми часто не мог наладить связь. Ни подготовкой и использованием стратегических резервов, ни вопросами материально-технического обеспечения войск, тесно связанными с другими отраслями народного хозяйства, он распоряжаться не мог.
К тому же вскоре выяснилось, что ни Тимошенко, ни Жуков вовсе не горят желанием сообщать Сталину о просчетах в их собственных планах. О падении Минска Сталин узнал от органов НКВД, а его генералы молчали об этом целых два дня.
Сразу же после острого разговора с генералами Сталин уехал на ближнюю дачу в Волынское и на протяжении нескольких часов не давал знать о себе даже своим сподвижникам.
И тогда 30 июня ведущие члены Политбюро выехали к Генеральному секретарю и председателю Совнаркома, чтобы предложить ему реальный выход из кризиса. Они заявили, что надо создать чрезвычайный орган военного времени – Государственный комитет обороны, и предложили Сталину возглавить его. Сталин согласился с этим предложением.