Иван III стремился перетянуть на свою сторону Псков. Посланец князя Ф.Ю. Шуйский способствовал заключению 9-летнего перемирия между Псковом и немецким орденом на благоприятных для русских условиях.
Московско-псковское сближение очень обеспокоило новгородцев. Союз со Псковом стал сильным средством давления на Новгород. Зимой 1464 года между Москвой и Новгородом был заключено перемирие, оказавшееся довольно продолжительным.
Летом 1470 года стало ясно, что Иван III, управившись с Казанью, разворачивает свою военно-политическую мощь на северо-запад, в сторону Новгорода.
18 ноября 1470 года после смерти Ионы новым владыкой Новгорода стал Феофил. Нареченный владыка Феофил собирался по старой традиции отправиться в сопровождении бояр в Москву на постановление к митрополиту Филиппу. Иван III дал согласие на обычный порядок утверждения нового архиепископа. В послании московский князь назвал Новгород своей «отчиной», то есть неотъемлемым, передаваемым по наследству владением. Это вызвало возмущение у новгородцев, и особенно у «литовской партии».
Весной 1471 года новгородские послы отправились в Литву, где был заключен договор с королем Казимиром IV, по которому Новгород поступал под его верховную власть, а Казимир обязывался охранять его от нападений великого князя.
На деле польско-литовский король не собирался воевать за Новгород, что сильно облегчило московскую экспансию.
В мае 1471 года Иван III послал в Новгород «разметные грамоты» – формальное извещение о начале войны.
13 июля на берегу реки Шелони новгородцы были разбиты наголову. Иван III двинулся с главным войском к Новгороду. Между тем из Литвы не было никакой помощи. Народ в Новгороде заволновался и отправил своего архиепископа Феофила просить у великого князя пощады.
Кажется, достаточно было одного усилия, чтобы разгромить Новгород и окончить войну небывалым триумфом. Однако Иван III устоял перед искушением. 11 августа 1471 года близ Коростыни он заключил договор, подводивший итог всей московско-новгородской войне.
Условия, выдвинутые победителями, оказались неожиданно мягкими: новгородцы присягали на верность Ивану III и обязывались в течение года выплачивать ему контрибуцию. Внутреннее устройство Новгорода оставалось прежним. Волок Ламский и Вологда окончательно переходили к Москве.