В последующие дни переговоры продолжались. Беспощадно диктуя новгородцам свои условия, Иван III счел необходимым уступить им в некоторых важнейших моментах. Великий князь гарантировал новгородским боярам сохранение за ними тех вотчин, которыми они владели, а также освобождение от службы в московском войске за пределами Новгородской земли.
4 января 1478 года, когда горожане стали жестоко страдать от голода, Иван потребовал, чтобы ему отдали половину владычных и монастырских волостей и все новоторжские волости, чьи бы они не были. Расчет Ивана III был точным и безупречным. Не задевая интересов частных владельцев, он получал при таком раскладе половину огромных вотчин новгородской кафедры и монастырей.
Через два дня Новгород принял эти условия. 15 января все горожане были приведены к присяге на полное повиновение великому князю. Вечевой колокол был снят и отправлен в Москву. Иван настоял на том, чтобы резиденция его «правобережных» наместников находилась на Ярославском дворище, где обычно собиралось общегородское вече. В древности именно здесь находился двор киевского князя Ярослава Мудрого.
В марте 1478 года Иван III возвратился в Москву, благополучно завершив дело. Новгородские заботы не оставляли государя и в последующие годы. Но все выступления оппозиции пресекались самым жестоким образом.
В 1480 году хан Большой Орды Ахмат выступил на Москву. В ответ Иван выслал полки на Оку, а сам поехал в Коломну. Но хан, видя, что по Оке расставлены сильные полки, пошел к западу, к литовской земле, чтобы проникнуть в московские владения через Угру; тогда Иван велел сыну Ивану Молодому и брату Андрею Меньшому спешить к Угре; князья исполнили приказ, пришли к реке прежде татар, заняли броды и перевозы.
Ахмат, которого не пускали за Угру московские полки, все лето хвалился: «Даст Бог зиму на вас, когда все реки станут, то много дорог будет на Русь». Опасаясь исполнения этой угрозы, Иван, как только стала Угра, 26 октября велел сыну и брату Андрею со всеми полками отступать к себе в Кременец, чтобы биться соединенными силами. Но Ахмат не думал преследовать русские войска. Он стоял на Угре до 11 ноября, вероятно, дожидаясь обещанной литовской помощи. Начались лютые морозы, а литовцы так и не приходили, отвлеченные нападением крымцев. Без союзников Ахмат не решился преследовать русских дальше на север. Он повернул назад и ушел обратно в степи.