Авторитет России и ее самодержца значительно возрос после покорения в 1552 и 1556 годах Казанского и Астраханского ханств, возникших в ХV веке в результате распада Золотой Орды. Величественным памятником этих событий стал собор Покрова Богоматери 1555–1561 годов, более известный как храм Василия Блаженного. Особая значимость храма-монумента была подчеркнута его строительством вне стен Кремля, но недалеко от его главных Спасских ворот, где начал складываться новый общественный центр Москвы – Красная площадь.
В 1563 году, в ходе Ливонской войны, был возвращен в состав Московского царства древний русский город Полоцк. С триумфом вернувшись в Москву, Иван Грозный приступил к перестройке своего домового храма Благовещения. В 1563–1566 годах над галереями собора были возведены четыре небольших церковки (придела). Их посвящения были связаны с идеей божественного покровительства первому русскому царю и его воинству. В результате Благовещенский собор стал своеобразным храмом-монументом, подчеркивающим значение Москвы как нового центра православия.
В период правления Ивана Грозного в Кремле формируются приказы – органы центрального управления. Здания приказов расположились на Ивановской площади Кремля, что придало ей значение делового и административного центра страны. Главным среди них был Посольский приказ, ведавший вопросами внешней политики и следивший за соблюдением посольского обряда. Кроме того, появились приказы, ведавшие сложным дворцовым хозяйством, хранилищами и мастерскими. Они располагались в каменных палатах на территории Государева двора. Первое летописное свидетельство об основных царских хранилищах датируется 1547 годом. В рассказе о случившемся тогда в Кремле страшном пожаре летописец перечисляет Казенный двор с царской казной, Оружейную палату, Постельную палату с казной и царские конюшни.
Утверждение царской власти шло параллельно с укреплением позиций Русской православной церкви. В 1448 году впервые митрополит Иона был избран в Кремле на соборе русских епископов без санкции Константинополя. Тем самым русская церковь обрела самостоятельность (автокефалию).
В 1589 году, во время правления сына Ивана Грозного царя Федора Иоанновича, в России было учреждено патриаршество. Первым русским патриархом стал Иов. К нему перешли древние владения митрополитов в Кремле, территория которых была значительно увеличена и застроена новыми каменными палатами и церквами. Двор главы русской церкви стал вторым по значению в Московском Кремле, что соответствовало положению двух «избранных богом» правителей России – царя и патриарха.