Спустя два года, по клеветническому доносу некоего Андрея, работника морга, В. Ф. Войно-Ясенецкого арестовали. Подоплека этого дела была такова. Валентин Феликсович неоднократно предупреждал своего нерадивого подчиненного, что выгонит его с работы за воровство и пьянство. Но тут в городе начались аресты противников нового режима, и Андрей решил свести счеты со своим начальником, пустив в ход явную клевету.
По его доносу Войно-Ясенецкого и его молодого коллегу доставили в железнодорожные мастерские, где скорый суд вершила «чрезвычайная тройка». На разбор каждого дела «судьи» тратили не больше трех минут, приговор обычно был один: расстрел. Осужденных выводили через другую дверь и сразу же расстреливали. Два врача просидели перед дверью этого судилища более двенадцати часов. Можно себе представить, что они пережили за это время! Спас их случай, который, как известно, есть псевдоним Бога.
Поздно вечером в этом «зале смерти» появился видный партиец, который знал главного врача в лицо. Он удивился, увидев здесь знаменитого хирурга, расспросил, что произошло, и вскоре вручил обоим врачам пропуска на выход, дав в сопровождение охрану. Милостью Божией В. Ф. Войно-Ясенец-кий избежал неминуемой смерти. Так слава хирурга стала в некотором роде его охранной грамотой.
Итак, все благополучно обошлось, но пережитое при аресте мужа нервное потрясение пагубно сказалось на здоровье Анны Васильевны. Вскоре она умерла, и Валентин Феликсович остался один с четырьмя детьми в возрасте от 6 до 12 лет.
Изможденный бессонными неделями, проведенными у постели умирающей жены, он теперь еще две ночи без сна читает Псалтирь у ее гроба. И здесь у него впервые проявился особый дар – чуткость к гласу Божию, восприятие отдельных строк из молитвословий как обращенных к нему лично. Он уловил, как Господь словами 112 псалма: «Неплодную вселяет в дом матерью, радующеюся о детях» – указал ему выход из создавшейся ситуации. Он понял, что эти слова обращены непосредственно к нему и что исходят они, несомненно, от Бога, потому что принесли ему утешение и надежду:
«Почему-то без малейшего сомнения я принял потрясшие меня слова как указание Божие на мою операционную сестру Софию Сергеевну Белецкую, о которой я знал только то, что она недавно похоронила мужа и была неплодной, то есть бездетной… И однако слова: “неплодную вселяет в дом матерью, радующеюся о детях” – без сомнения принял как Божий приказ возложить на нее заботы о моих детях и воспитание их».