Сама церковь, ее внешняя организация, начиная с Константина, была серьезно преобразована в структуру, которая в основном дожила до наших дней. Был сформирован корпус канонического церковного права и церковного суда в значительной степени под влиянием римского права. Сформировано церковное управление нескольких уровней: епархии, митрополичьи округа, экзархаты, патриархаты. Само деление церковных территорий было приведено в соответствие с имперским административным делением: епархии – провинции, митрополичьи округа – диоцезы и т. д. Стала более доступной возможность проведения церковных соборов всех уровней, начиная с местных и кончая вселенскими (во многом опять же благодаря финансовой поддержке таких мероприятий со стороны императора). Инициатива в проведении 1 Вселенского собора в Никее, его организация принадлежала императору. Никейский собор оставил по себе благодарную память в церкви, как принявший важный символ веры и показавший пример соборного решения церковных вопросов, пример симфонии церкви и империи. По его образцу и примеру проводились и последующие вселенские соборы. IV век вообще был веком соборов по преимуществу; большие соборы по нескольку сотен епископов собирались чуть не каждый год.
В целом при Константине было заложено прочное основание христианской цивилизации. Попытка через четверть века другого императора Юлиана Отступника восстановить языческую империю и изгнать христианство из общественной жизни провалилась.
Стоит отметить, что, строго придерживаясь принципа свободы совести, Константин считал необходимым ограничивать деятельность деструктивных (по-современному, тоталитарных) сект, сознательно подрывавших семью, общественные устои, провоцирующих религиозные и социальные беспорядки. Например, он оставил в силе указ Диоклетиана, запрещающий деятельность манихеев. Ограничению при нем подверглись африканские донатисты, разжигавшие народные волнения (да и те после тщательного исследования их дела), акварии, тетрадиты и другие секты. Они не получили прав юридического лица, и соответственно, не получили храмов и пособий от государства, а существовали частным образом. Позднее эти секты, особенно донатисты, впитавшие в себя социальные низы, маргинальные элементы, показали свою опасную, разрушительную силу. Разделение между Кафолической Церковью и схизмами прошло не по линии ортодоксия – ересь, а по линии признания – непризнания империи Константина.