Пример царя Феодора наглядно показал, что одного личного благочестия для монарха недостаточно, что он по данному им обету, принесенному в чине венчания на царство, не должен сам отдавать власть в другие не благословенные руки. Бремя власти должен нести тот, кто принял благодать помазания на царство. Если монарх не держит царского скипетра в своей руке, его тотчас подхватывают чужие проворные руки.
Правление царя Феодора поставило вопрос и о смысле царского служения. В лице православного царя соединялись два служения, имеющих разную природу: самодержца, носящего меч, осуществляющего мирскую власть, и церковного служения, имеющего благословение и помазание от Церкви, предстоящего Богу и разделяющего с церковным народом подвиги благочестия. Какой из этих аспектов для царя важнее и в каком они должны быть у него соотношении?
Земное царство, хотя и освящаемое Церковью, остается областью мира сего, не совпадающей с благодатным царством Христовым, областью ветхого, а не нового человека. Оно держится на принуждении людей в большей мере, чем на их свободном произволении, на земной справедливости больше, чем на самоотверженной евангельской любви. И поэтому оно требует действий, соответствующих природе земной власти: твердого контроля, нелицеприятного правосудия, пресечения зла силой. Бесконтрольность и безнаказанность фаворита-шурина была грехом царя Феодора.
Не издав никаких распоряжений о престолонаследии, царь фактически передал и самый трон в распоряжение Годунова. Первое время Борис правил именем своей сестры – царицы Ирины. Для придания легитимности своей власти он собрал представительный Земский собор (1598), члены которого «молили» Бориса «принять царство». Годунов долго не соглашался, ожидая «всенародного моления», высматривал, не покажутся ли конкуренты. Тем не менее процедура была соблюдена и Годунов был единогласно избран и призван на царство Всероссийским Земским собором.
Вторым шагом по закреплению власти было торжественное венчание и помазание Бориса на царство первым патриархом Московским Иовом. Став полноправным государем, приняв присягу от подданных и получив признание от соседних монархов, царь Борис продолжал проводить разумную политику в национальных русских интересах. Первые два года его царствования прошли, не возбуждая народного недовольства. Оппозиция ему сохранилась среди конкурентов-бояр, особенно среди репрессированных. Они затаились, ожидая удобного момента.