Его инициативе и настойчивости Русская Церковь обязана установлением патриаршества и, что еще более важно, – признанию своей автокефалии со стороны Константинопольского и других восточных патриархов. Известно, что Московская автокефалия, самопровозглашенная в 1449 году, не была признана в Константинополе, и в течение более ста лет отношения с этим патриархатом были прерваны. Признание московского патриаршества и участие патриарха Иеремии в интронизации первого Московского патриарха Иова означали также признание автокефалии Москвы, как самостоятельной национальной поместной Церкви. Это было результатом долгих трудов русской дипломатии, возглавляемой Борисом Годуновым, хотя, продвигая в патриархи преданного ему Иова, он имел при этом свои виды.
К успехам внутренней политики Годунова принадлежит и общее замирение России, оставшейся после Грозного в плачевном опустошенном состоянии. При нем отмечался подъем хозяйства, наполнение казны, увеличение войска, строительство новых крепостей и городов.
Во внешней политике успехи тоже были значительны: возвращение утраченного при Грозном побережья Финского залива (от Невы до Нарвы), окончательное завоевание Сибирского царства, закрепление в Поволжье и в низовьях Терека, продвижение далее на юг «засечной черты», прекращение крымских набегов. Важным успехом дипломатии Годунова было продление перемирия с Польшей до смерти воинственного короля Стефана Батория, первое принятие в подданство Грузии, заключение оборонительных договоров с Ираном против Турции и с Данией против Швеции. Годунову удалось вывести Россию из состояния почти полной международной изоляции и бесперспективной войны на нескольких фронтах одновременно, бывшей при Грозном, добиться признания со стороны таких держав, как Англия, Австрия, Польша и Швеция, соблюсти национальные интересы, не прибегая к войне. К началу его вступления на престол положение Московского царства было прочным и никто из соседей не помышлял о войне с ним.
В лице царя Феодора Иоанновича и Бориса Годунова обозначились два типа правителей. Первый – благочестивый и богобоязненный, но безвольный и самоустранившийся от дел правления, переложивший всю ответственность за государственные дела на шурина-правителя. Второй – реальный политик, расчетливый прагматик, умеющий приносить пользу государству, но никогда не забывающий и своих интересов, ничем не брезгующий для укрепления своей власти и популярности в народе.