Тем временем Эрнандо Писарро, который был единственным законнорожденным из всех единокровных братьев и претендовал на какую-то образованность, был послан в Испанию с донесениями и королевской долей добычи из Кахамарки. Он возвратился в 1535 году с депешами, дававшими Франсиско Писарро титул маркиза (и за ним закреплялась уже завоеванная территория Перу), а Альмагро – титул adelantado на территории с неопределенными границами (южной страны Чили), расположенной к югу от земель, управляемых Писарро. Альмагро сразу заявил свои права на Куско как часть подаренных ему земель; Писарро отказался отдать ему город, и снова гражданская война казалась неминуемой. Но этих двух военачальников уговорили примириться для спасения репутации обоих, и Альмагро отбыл в экспедицию с целью исследовать и завоевать свое царство на юге. Он отсутствовал два года, в течение которых его армия (500–570 испанцев и 15 тысяч индейцев) пересекла открытое всем ветрам altiplano (плоскогорье, плато), которое в настоящее время принадлежит Боливии, и далеко проник на территорию Чили, а возвратился через прибрежную пустыню Атакаму. Солдаты Альмагро преодолели огромные трудности – голод и холод, жару и жажду, потеряли большую часть своих коней и многих товарищей (погибло в ходе похода 1535–1937 годов 150 испанцев и около 10 тысяч индейцев-носильщиков, в том числе на перевале через Анды – перевал Сан-Франциско, 4726 м, – 1500 индейцев), но не нашли больше городов и сколько-нибудь стоящей добычи[45]. Они вернулись в Куско в апреле 1537 года, полные еще более острой зависти к удаче Писарро.
Во время отсутствия Альмагро Писарро пришлось столкнуться с опасным и широко распространившимся восстанием индейцев, которое возглавил Манко Капак-второй (или Манко Инка Юпанки) – преемник Уаскара, которого Писарро безуспешно пытался использовать как марионеточного правителя. Манко Капак полгода осаждал Куско, где заперлись с горсткой людей Эрнандо и Гонсало Писарро, третий брат Хуан был убит во время вылазки. Армии индейцев, однако, были слишком велики, чтобы продолжать сражаться длительное время, имея к тому же в своем распоряжении примитивные транспортные средства, так что через несколько месяцев армия Манко начала сокращаться. Но прежде чем братья Писарро смогли воспользоваться этим ослаблением врага, из Чили вернулся Альмагро с остатками своего отряда, зашел к Манко с тыла и разгромил его, вошел в Куско и завладел властью в городе и провинции