. Так началась первая гражданская война в Испанском Перу, «война Лас-Салинас» (Соляные копи). Подобно многим последующим волнениям в Перу, эта война была ссорой не только между двумя группировками испанцев, но и между побережьем и горами, между городами Лима и Куско. Лима победила; Альмагро после многих взлетов и падений потерпел поражение в 1538 году и был задушен по приказу Эрнандо Писарро, взявшего того в плен. Альмагро был щедрым и популярным военачальником, и его смерть многих сделала врагами братьев Писарро. Очередь Франсиско Писарро пришла тремя годами позже. В 1541 году он был убит в Лиме группой «людей из Чили». Губернатором был провозглашен Альмагро-младший, сын казненного, однако назначенный испанским королем новый губернатор предал его суду и в 1542 году казнил. Инка Манко Капак пережил и Франсиско Писарро и Диего Альмагро-отца и Диего Альмагро-сына. Он продолжал жить как правитель в изгнании в районе крепости Вилькабамба, периодически совершая нападения на испанцев и отбиваясь от их рейдов. Он был убит десять лет спустя несколькими беглыми испанцами, к которым он отнесся дружески.
Война, которая началась в 1541 году между сторонниками двух умерших военачальников, отличалась от предыдущих усобиц тем, что королевский губернатор, присланный из Испании, принимал в ней активное участие. Обладатель лицензии Вака де Кастро – председатель недавно образованной audiencia в Панаме, отправленный в Перу расследовать происходящие в стране беспорядки, имел приказ стать преемником Писарро в случае смерти маркиза. По прибытии в Перу он встал во главе группировки сторонников Писарро, превратив их тем самым в королевскую армию, воюющую с вооруженными мятежниками. Сторонники Альмагро были разгромлены, а многие активисты – казнены. Дальше было труднее. Кастро со всей ловкостью и терпением юриста отговорил Гонсало Писарро от заявления своих притязаний с мечом в руках на звание преемника власти своего брата. Однако мир был недолгим. В 1543–1545 годах правительство в Испании начало стремительное наступление на систему encomienda и отправило в Перу в качестве вице-короля невежественного солдафона Бласко Нуньеса де ла Вела с приказом конфисковать encomiendas. Настойчивые требования Нуньеса вопреки всяким доводам благоразумия немедленно привести в исполнение данные ему инструкции спровоцировали вооруженное восстание под руководством Гонсало Писарро и новую гражданскую войну, в которой Нуньес был убит в начале 1546 года. Гонсало Писарро стал на время реальным правителем Перу. По совету Карвахаля он мог бы даже создать независимое царство. Однако привычка быть верным короне была сильна. Гонсало попытался вести переговоры о признании королевской властью его полномочий, а последующее промедление дало возможность преемнику Нуньеса – священнику Педро де ла Гаска, который, находясь в Панаме, уже овладел ситуацией на море, высадиться в Перу, отделить от Гонсало многих завистников и в конечном счете собрать армию, которая его разгромила. Гонсало и его главные помощники были обезглавлены в 1548 году. Из пяти жестоких и неуправляемых братьев, завоевавших Перу, в живых остался только Эрнандо, направленный после разгрома Альмагро в Испанию, чтобы 20 лет томиться в испанской тюрьме