В марте 1930 года Исхак Абдулович Ахмеров начинает работать в контрразведывательном отделе (КРО) секретно-оперативного управления ОГПУ, на который возлагались борьба с бандитизмом, контрреволюцией, шпионажем и контрабандой.
Прием на работу в эту важнейший орган государственной безопасности осуществлялся после тщательной проверки кандидатов. Учитывался опыт и результативность предыдущей работы, партийные и производственные характеристики, результаты наблюдений действующих сотрудников ОГПУ и их рекомендации. Кто рекомендовал Ахмерова на работу в КРО, неизвестно. Но, безусловно, при его назначении учитывалось мнение и упомянутых выше Я. Г. Минскера, С. М. Мирного и В. П. Потемкина.
После небольшой подготовки Исхак Абдулович, оставив семью в Москве, выезжает в Бухару, где ему в должности оперуполномоченного предстояло принять участие в борьбе с басмачами.
Басмачество, как религиозно-националистическое движение, направленное на свержение советской власти в Средней Азии, существовало многие годы. Несмотря на существенный урон, наносимый басмачеству РККА и ОГПУ, оно продолжало существовать. В немалой степени этому способствовала поддержка, оказываемая главарям сепаратистов правящими кругами сопредельных государств. По этим каналам к басмачам поступали оружие, деньги, военное снаряжение. Нередкими были случаи присутствия в отрядах басмачей иностранных советников. Особую активность в поддержке басмачества проявляла Великобритания, стремившаяся ослабить влияние СССР в Азии. Агенты СИС подталкивали лидеров басмачества к постоянным нападениям на советскую территорию.
В 1930 году обстановка в среднеазиатском регионе вновь обострилась. В марте советско-афганскую границу перешел крупный отряд басмачей во главе с курбаши С. Шайтаном. В это же время в самом Афганистане сторонники бывшего эмира Бухары начали подготовку восстания с целью создания самостоятельного государства. В конце апреля отряд басмачей, насчитывающий 1200 сабель, предпринял попытку перехода государственной границы СССР. С каждым днем обстановка обострялась.
К внешним угрозам добавлялась и крайне неспокойная ситуация в самих среднеазиатских республиках, вызванная проводимыми в стране мероприятиями по коллективизации и раскулачиванию. В сводках ОГПУ того времени отмечалось: