Именно он возглавлял сторону обвинения в деле Джозефа Пола Фрэнклина, члена Соединенных Кланов Америки и нациста, который был предан суду за убийство на парковке в Форт-Уэйне, штат Индиана, президента Национальной городской лиги Вернона Джордана-младшего. В августе 1982 года присяжные признали Фрэнклина невиновным. Это едва ли можно было счесть благоприятным началом карьеры Ковальски в федеральном правительстве, и подобный провал сделал бы многих юристов весьма и весьма осторожными в выборе дел.
Линчевание чернокожего, казалось бы, должно было бы непременно привлечь внимание Министерства юстиции, и по нему должно было бы начаться расследование, но в 1981 году убийство чернокожего на расовой почве само по себе не являлось федеральным преступлением и подпадало под юрисдикцию штата. Так что надо было доказать, что убийца или убийцы также имели умысел нарушить конституционные права своей жертвы.
Никто в управлении полиции Мобила не желал говорить о том, что убийство Майкла Дональда было совершено по расовым соображениям и что были нарушены его гражданские права. В данных обстоятельствах у Министерства юстиции не было никаких юридических полномочий совать нос в это дело. Поэтому-то Ковальски и держал досье с материалами по этому убийству в задней части ящика, где у него хранились подобные дела. Однако он тоже был настолько возмущен и шокирован этим случаем линчевания, что так и не оформил бумаг, необходимых для окончательного отказа Министерства юстиции браться за его расследование.
Когда Томас Фигерс позвонил ему в первый раз, пытаясь заручиться помощью, страстное желание помощника федерального прокурора добиться правосудия в деле об этом убийстве оказало на юриста Министерства юстиции сильное впечатление. Этот звонок стал еще одной вехой на пути, который привел его к решению убедить свое начальство: это дело имеет достаточно хорошую судебную перспективу, чтобы взяться за его расследование.
После того как Министерство юстиции завело дело, Ковальски в сотрудничестве с Фигерсом и Сешнсом начал работу над тем, чтобы заставить ФБР вновь открыть следствие. ФБР всегда ревниво отстаивало свои полномочия, и там не любили, когда министерство, вышестоящий орган, указывало. ФБР приходилось регулярно работать в связке с органами полиции городов и штатов, и поэтому Бюро не горело желанием грубо вмешиваться в сугубо местные дела, ибо такое вмешательство было бы равносильно утверждению, что местные правоохранители недостаточно хорошо делают свою работу.