Многие считали, что царь на самом деле никого не убивал, его оклеветал папский посланник, которому не удалось склонить царя к принятию католичества. Свой вклад в создание мифа о необузданной жестокости русского царя внёс и сбежавший в Европу Курбский, распространявший там слухи о немыслимой жестокости Ивана IV. Царь после своей смерти был канонизирован церковью как собиратель русских земель и создатель Российского государства.
Поэтому не было ничего удивительного в том, что картина Репина вызвала протесты в обществе как не соответствующая исторической правде и подрывающая основы монархического строя. Её даже снимали с экспозиции по распоряжению императора Александра III, но стараниями художника Алексея Боголюбова, дававшего уроки рисования императору, запрет спустя три месяца был снят, и картину вернули на место. Позднее Александр III, ценя талант Репина, неоднократно давал ему государственные заказы, а когда увидел картину Репина «Николай Мирликийский спасает трёх осуждённых на казнь», то у него впервые, по его словам, появилась мысль создать императорский музей русского искусства, известный ныне как Русский музей.
Скандальную картину Репина об Иване Грозном приобрёл в свою галерею Павел Третьяков, где она находилась долгое время и продолжала вызывать неоднозначные толки посетителей. Пока в 1913 году художник-старообрядец Абрам Балашов не попытался положить этому конец, набросившись на картину с ножом и располосовав лица героев. Репин, которому сообщили о случившемся, приехал из своего имения «Пенаты» под Петербургом, где он жил, и попытался восстановить испорченную картину. Но к этому времени 70-летний художник практически лишился цветового восприятия и уже не мог рисовать, как прежде, к тому же у него отнялась рука. Реставрацию картины пришлось провести его ученику Игорю Грабарю.
Уже тогда пошли разговоры о том, что рука у Репина отсохла за то, что он оклеветал святого царя Ивана Васильевича Грозного. Вспоминали и другие произведения Репина, прежде всего карикатурную картину «Крестный ход в Курской губернии», которую многие воспринимали не иначе как глумление над православной верой и церковью. Такие демарши в отношении православия и монархии в то время шли по нарастающей, внося смуту в народное сознание и подогревая революционные настроения в массах.