В 1990-е и начале 2000-х годов российско-румынские политические отношения фактически были заморожены. Почти к нулю пришло и экономическое сотрудничество. Правда, и при Чаушеску контакты между нашими странами не отличались взаимопониманием.
Первый президент новой Румынии Ион Илиеску – единственный лидер Восточной Европы того времени, которого считали «горбачёвцем», решился на подписание в апреле 1991 г. базового договора с СССР, условия которого по существу были продиктованы Москвой. Имевший близкие личные связи в Советском Союзе, в том числе и на самом высоком уровне, Илиеску, возможно, считал, что такой договор мог быть полезен для его страны. Однако этот проект не был реализован, ибо вызвал ожесточенную критику со стороны румынской оппозиции. А вскоре текст документа уже не соответствовал новым международным реалиям: распался Советский Союз, канул в небытие Варшавский договор, рухнула социалистическая система. Ратификация договора не состоялась. Далее Илиеску предпочел не предпринимать существенных шагов в двусторонних отношениях. Эту же линию продолжил и следующий глава государства Эмиль Константинеску (1996–2000).
После августа 1991 г. Россия подписывает с восточноевропейскими государствами базовые договоры, уже не предъявляя прежних требований, и только с Румынией ситуация надолго остается неопределенной. На протяжении более десяти лет дипломаты и политики бились над текстом нового базового соглашения, но найти взаимопонимание, казалось, почти невозможным. Рост националистических и прозападных настроений в румынском обществе также не способствовал нахождению точек соприкосновения с Россией.
Румыния хотела включить в соглашение формулировки, которые хотя бы косвенно осуждали пакт Молотова–Риббентропа. В глазах румын это было бы признанием ее исторических прав на Бессарабию (сегодняшнюю Молдавию). Россия же старалась уйти от упоминания документа, который реанимировал, в ее представлении, территориальные споры.
Другим важным для Румынии условием подписания договора был возврат румынского золотого запаса и других ценностей, отправленных во время Первой мировой войны на хранение в царскую Россию (таким образом предполагалось спасти ценности от немецкой армии, занявшей в тот момент большую часть Румынии). Следы ценностей затерялись в постреволюционной России. Советское правительство, особенно после присоединения в 1918 г. Бессарабии к Румынии, категорически отказывалось обсуждать эту тему. Позже, как следует из российских источников, частичный возврат ценностей имел место. Однако это, как считают в Румынии, далеко не все.