Одновременно с явным ростом религиозности среди мусульманской части населения постсоветских стран и резким увеличением числа приверженцев исламской культуры, начавших придерживаться норм шариата в своей повседневной жизни, определенные силы попытались реализовать на возникших межэтнических противоречиях внутри мусульманского сообщества собственные сепаратистские проекты. В ряде бывших стран Советского Союза, где наблюдалась тенденция политизации ислама, соединения исламского фактора с политическим радикализмом и национализмом, власти были вынуждены пересмотреть свою политику по отношению к самой молодой мировой религии, к мусульманскому миру в целом. В разряд первостепенных направлений государства вышла также задача «формирования нового соотношения между светскостью и религиозностью» [14, с. 330].
Пришедшие после распада советской идеологической системы и атеистических принципов на территорию суверенных республик Центральной Азии религиозные идеи, которые смогли быстро заполнить возникший нравственный и духовный вакуум, часто оказывались не лишенными деструктивных сентенций. В начале 1990-х годах в борьбу за влияние на верующих Казахстана быстро включились различного рода миссионеры, по сути оказавшиеся эмиссарами экстремистских организаций. Воспользовавшись установленными в 1992 г. дипломатическими отношениями между республикой и рядом мусульманских государств (Пакистан, Ливия, Египет и т.д.), они под прикрытием ложных и псевдоисламских лозунгов смогли выстроить собственную «образовательную» деятельность, используя для этого, в том числе, восстанавливаемые на территории Казахстана мечети и медресе.