«Усилия акционеров ЮКОСа в начале 2003 г. можно сложить в некоторую общую картину: они атакуют коррупцию, они выводят крупнейшую нефтяную компанию из-под контроля государства, они финансируют оппозицию, они воспитывают новое поколение свободных граждан, они развивают гуманитарную науку – у них, кажется, есть какой-то бизнес-план для России. Еще немного, и Россия выйдет из-под личного контроля президента Путина, станет совсем западной страной. В некотором смысле это действительно заговор, направленный на смену общественного строя. И глупо же думать, что Кремль не замечал такого заговора» [Панюшкин 2006: 21].
По всей видимости, решающим мотивом решения власти о демонтаже бизнес-империи Ходорковского стало то обстоятельство, что вслед за завершением сделки с Романом Абрамовичем о слиянии ЮКОСа и Сибнефти (апрель 2003 г.) начались переговоры о продаже блокирующего пакета акций объединенной компании с ChevronTexaco и ExxonMobil. Успех переговоров означал переход бизнес-империи Ходорковского в высшую лигу транснациональных корпораций, а сам ее хозяин, войдя в ареопаг глобальной предпринимательской элиты, становился для российской власти практически неуязвимым. Утрата политического и юридического контроля со стороны Кремля над важнейшим активом российской нефтедобывающей отрасли могла означать не просто резкое усиление альтернативного центра влияния на экономику и политику, но пересмотр самой формулы неопатримониального капитализма. Успех проекта Ходорковского должен был открыть шлюзы конвертации собственности в политическую власть, а последней – в новую собственность. Предполагать, что вся эта грандиозная сделка задумывалась Ходорковским ради того, чтобы навсегда покончить с патримониальными отношениями, коррупцией и специфическим инструментарием российского бизнеса 1990-х годов, оснований, как минимум, недостаточно.
К осени 2003 г., когда противостояние Кремля и ЮКОСа завершилось арестом Михаила Ходорковского и Платона Лебедева, обнаружилось, что безупречных правовых инструментов для завершения этой борьбы у власти уже не осталось. О том, насколько мощную юридическую линию обороны выстроил ЮКОС, свидетельствуют и многомиллиардные иски, предъявленные России его акционерами. Очевидная политическая подоплека приговора Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву делала неизбежным его восприятие российскими гражданами в зависимости от их политических предпочтений. Во многих случаях криминальная составляющая «дела ЮКОСа» оказывалась полностью за пределами рамок, в которых сторонники тех или иных политических позиций были готовы рассматривать противостояние Путина и Ходорковского.