Для Xenosaga характерны множественные связи между персонажами – что подтверждает даже один из её могильщиков, Ко Арай. “In Takahashi's original plan, there were some characters who were going to be mains, (…) so they ended up being like souls with various connections tying them together” (XS II Complete Guide, Developer's Interview). Но абсолютное большинство персонажей Pied Piper с героями первого-второго эпизодов (кроме Зигги) не связаны. Это значит, что оператор Майкл Олтман, робот Багус, полицейский шеф Сеан МакКоллум, ученик Вояджера Клаус Туле (Торрес, в третьем эпизоде), и ухудшенная копия Шион Узуки Мерис Ортас (Мелисса Ортус в третьем эпизоде) были созданы уже в процессе расширении сценария. Яну Сойеру требовался ровно один напарник – (это Ханаан>6) для диалогов в катсценах, с монстрами будет биться, уже имеющаяся команда героев. (Пожалуй, гражданство в оригинале имел ещё и Алексей Циолковский, как источник информации и представитель сопротивления)
Но разуметься, важнейшие сцены из Pied Piper сохранялись.
“Meris: With the development of communication, people who are separated by light-years can share vast amounts of information… and what’s more, with the development of the U.M.N., people can even share feelings and sensations. But… thinking that we can even share death seems a bit arrogant…
Lactis: The ability to govern life and death should be left to the gods…?
Meris: Not quite. I don’t know if that’s the power of the gods… but…
Lactis: But?
Meris: I’ve thought about this before. Somewhere far away, and a long time ago… I wondered, before we’re born into existence, does our consciousness exist as part of an all-encompassing mind? A consciousness that exists everywhere, and the moment we accept life, we’re torn away from that circle. “Joining the circle once more.” Maybe that’s the true purpose of existence…
Lactis: But you can’t enter the circle while you’re alive…?
Meris: Right. I thought that the only way in was to sever your connection to your own life… Remembering that now, I think that what we’re doing is a violation of the Golden Rule”
Просто реплики произносились иными персонажами. Шион заменяла Мерис, Лактиса (понятно, что Ханаан из воспоминаний не мог говорить с Шион) кто-то ещё.
Детективная линия с выяснением личности Вояджера тоже появилась уже в переписанном Pied Piper, – в оригинале на неё просто не хватило бы времени. Не было в ней и смысла – если личность красного Тестамента, хоть и простая, но загадка, для чёрного наличие/отсутствие маски ничего не меняет, – он незнакомец для игрока. Так что Зигги знал Элриха Веббера только как Вояджера (и во втором эпизоде Зигги именно так к нему и обращается). По тем же причинам (отсутствие и времени и смысла) исключаем следом за детективной линией и любовную. В оригинале Шэрон носила фамилию Сойер, а Хоакин был родным сыном Зигги. (В третьем эпизоде Вояджер так и говорит “I will have to pleasure of finishing you off, myself. Just like I did your son” и никаких приёмышей)