Трудно было ждать чего-то доброго и от собора. Уже при его открытии возник спор, кто займет центральное место на соборе: византийский император или римский папа Евгений IV. Было решено, что в центре собора будет лежать Евангелие, справа будут сидеть папа и католики, а слева – император и православные. Затем для прений со стороны западного и восточного духовенства выбрали более ученых и красноречивых людей. Греки выбрали Марка Ефесского, митрополита Исидора и Виссариона Никейского. Главный спор зашел об исхождении Святого Духа. Греки держались учения, что Дух Святой исходит от Отца, а римляне прибавляли: и от Сына. При этом они ссылались на некоторые древние рукописи, а греки утверждали, что они подложные. Пятнадцать раз сходился собор для прений по этому вопросу. Споры становились резкими. Особенно горячо ратовал против латинской ереси Марк Ефесский, при этом митрополит Исидор проявил себя сторонником папы и унии. Император и папа всеми силами старались сдерживать раздоры, в дело даже пускались раздоры и подкупы. Наконец греки уступили и согласились признать учение западной церкви об исхождении Св. Духа от Отца и Сына, а также и о том, что, кроме ада и рая, есть еще чистилище, где очищаются души от грехов для перехода в рай. Признали также, что опресноки и квасной хлеб одинаково могут употребляться при священнодействии, а главное, чего добивался папа – признали, что он – наместник Христа и глава всей христианской церкви и византийский патриарх должен подчиняться ему.
И вот по завершении собора 6 июля 1439 года в главном Флорентийском соборе служилась необыкновенная торжественная обедня. При огромном стечении народа папа благословлял императора, епископов и сановников. Со слезами на глазах он зачитал хартию (грамоту) о воссоединении церквей. «Да возрадуется небо и земля» – говорилось в ней. – Рушится преграда между восточной и западной церковью. Мир возвратился на краеугольный камень Христа: два народа уже составляют единый; мрачное облако скорби и раздора исчезло; тихий свет согласия сияет снова!.. Да ликует мать наша церковь, видя чад своих, после долговременной разлуки соединенных снова любовью; да благодарит Всемогущего, который осушил ее горькие слезы о них!» Далее шли статьи, принятые на Флорентийском соборе.