Первая крупная партия породистых лошадей появилась на Сицилии в 703 г. Этих скакунов завезли из Северной Африки арабы. Когда во второй половине XI в. островом завладели норманны, они проявили определенную этническую толерантность, позволив арабскому населению остаться в самых укромных уголках Сицилии, в том числе и в горах Неброди.
После 1130 г., когда норманнская монархия продвинула свои границы почти что до окрестностей Рима, арабская порода испытала некоторое смешение с итальянскими лошадьми, но достаточно ограниченное. Зато в августе 1209 г. потомки североафриканских скакунов получили куда более сильное вливание. По случаю венчания 14-летнего Фридриха II с Констанцей Арагонской из Испании прибыл ценный свадебный подарок: пятьсот «иберийских» лошадей вместе с испанскими всадниками. Случилось так, что через каких-нибудь два месяца эпидемия дизентерии унесла в мир иной всех кавалеристов, а «иберийцы» остались в полном распоряжении Фридриха. «Иберийцами» их называют условно, потому что, как полагают, это была искусственно выведенная порода.
И вот по монаршьему повелению по всей Сицилии создаются «селекционнные конюшни», где осуществляется скрещивание местных лошадей с привозными. «Селекция» была сугубо прагматичной: таким образом король стремился резко увеличить численность своей конницы, чтобы сподручнее было усмирять мятежные районы острова. И это было только начало селективного отбора. Тот же Фридрих выписывал для улучшения породы лошадей из Германии и Скандинавии. Впоследствии правление испанцев снова способствовало смешению сицилийской породы с «иберийской». Ввозили на остров и французских лошадей. В итоге всех этих многовековых скрещиваний появилась превосходная кавалерийская лошадь, пригодная для использования в любой местности и особенно хорошо проявляющая себя в вихревых атаках.
Много времени спустя, в 1864 г., в Катанье создается «Депо племенных жеребцов», но речь идет все же о популяции, сложившейся в результате случайных скрещиваний.
К выведению современной лошади санфрателлано приступили в 1925 г. У сицилийских лошадей выявились кое-какие дефекты, да и ростом местная порода похвастаться не могла. И вот с целью исправления этих недостатков на Сицилию завезли жеребцов «восточной» и английской породы. Их распределили по специально созданным селекционным станциям. Вторую инъекцию импортной крови сделали в 1934–1935 гг. Лучших производителей гибридной породы отправили в Институт коневодства в Катанье, где продолжалось скрещивание. Участвовали в селекции и итальянские жеребцы породы мареммано, а с пятидесятых годов прошлого века – также и венгерские жеребцы. Можно считать, что к концу 1960-х годов современный вариант санфрателлано полностью сформировался. Хотя и после этого селекция не останавливается; она ведется как в Институте коневодства, так и в некоторых частных конюшнях. Впрочем, как утверждают ученые, наследственность у санфрателлано настолько устойчивая, что эксперименты последних лет ее вряд ли сильно изменят.