«Участие в революции» не прошло П.А. Строганову даром – после возвращения в Россию ему было запрещено проживать в Петербурге. Строганов поселился в подмосковном селе Братцево, где оставался до 1796 года и старался вести себя примерно. Женился на княжне Софье Владимировне Голицыной; в 1795 году у них родился сын Александр. На революционные темы Строганов не высказывался, отношения с Ж. Роммом не поддерживал, и вскоре ему было разрешено въезжать в столицы. На одном из балов он познакомился с великим князем Александром Павловичем; между молодыми людьми сразу возникло взаимопонимание. С этого времени и в последующие годы граф П.А. Строганов почти постоянно находился в ближайшем окружении великого князя, а впоследствии императора Александра I. Теплые отношения сложились и у Софьи Владимировны Строгановой с великой княгиней (впоследствии императрицей) Елизаветой Алексеевной.
Еще в конце царствования Екатерины II, вместе с Н.Н. Новосильцевым, В.П. Кочубеем и А. Чарторыйским, Павел Строганов вошел в число доверенных лиц великого князя Александра Павловича. Этот «интимный кружок» сохранился и в первые годы царствования Павла Петровича, а после воцарения Александра был воссоздан в виде «Негласного комитета». В период правления Павла I Строганов, единственный из кружка, постоянно находился при великом князе Александре. В это время он и великий князь организовали «Санкт-Петербургский журнал». Строганов принимал активное участие в подборке материалов для журнала и, вероятно, финансировал его издание. В те месяцы Александр Павлович писал своему учителю Лагарпу, что, занимаясь подготовкой будущих реформ, «мы намеревались в течение настоящего царствования (Павла I) поручить перевести на русский язык столько книг, как это только возможно…».
Воцарение Александра I, как считал П.А. Строганов, открывало широкий простор для реформирования страны. Он был одним из инициаторов создания «Негласного комитета», который начал свою работу 24 июня 1801 года после приезда в Петербург остальных членов «интимного кружка» – Чарторыйского и Новосильцева.
Еще до приезда друзей Александр и Строганов определили круг вопросов, которые необходимо было обсудить на заседаниях «Негласного комитета». Сюда они отнесли в первую очередь проблему введения политических прав и свобод, а также серьезное ограничение (или даже отмену) крепостного права, так как считали, что «для того, чтобы исполнить первое, необходимо было разрешить второе». «Волновать дух народа» было опасно, поэтому Строганов предложил создавать проекты законов в абсолютной тайне и проводить их в жизнь без дальнейшего обсуждения, жесткими административными методами. Свои взгляды он изложил в ряде записок, составленных как по заданию императора, так и по собственной инициативе.