Однако уже в августе 1881 года, т. е. спустя всего несколько месяцев после гибели Александра II, Муромцев увольняется от должности проректора, а вскоре приказом министра народного просвещения от 22 августа увольняется и от должности профессора университета. В его архиве сохранился официальный документ с указанием причин отставки. Это «копия отношения окружного инспектора ректору Московского университета об увольнении проф. Муромцева С.А. ввиду его политической неблагонадежности»… С.А. Муромцев смог вернуться к преподаванию лишь двадцать лет спустя, когда в июне 1906 года вновь был утвержден профессором Московского университета по кафедре гражданского права.
Муромцев был, несомненно, цельной личностью, человеком одной идеи. Это видно по его лекциям, о которых сохранились воспоминания современников. Все они отмечают не только глубину и разносторонность его знаний, но и его попытку донести до слушателей либеральные ценности. Целью лекций Муромцева было формирование нового либерального общественного сознания. Свои либеральные принципы Муромцев активно проводил и в работе Юридического общества при Московском университете. Общество, объединявшее профессоров, адвокатов и студенчество, позволяло преодолеть формальные рамки бюрократической иерархии учебного процесса и в этом смысле само становилось важным институтом гражданского общества. Именно в рамках Юридического общества, где велись дискуссии по принципиальным вопросам теории и практики правовых реформ, Муромцев впервые проявил себя как общественно-политический деятель, стала очевидна способность рассмотреть всякий конкретный вопрос в общей перспективе государственного развития. Неотъемлемой частью этой деятельности стала работа Муромцева по изданию журнала «Юридический вестник», где отражались дискуссии в правовой науке, давалась критическая оценка новых идей и инициатив. «Я хочу придать этому журналу новый, живой характер, как в научном отделе, так и в практическом, – писал Муромцев. – Стараюсь завести организованную правильно судебную хронику и в ней бросить в нашу практику судов и адвокатов семена новых практических идей, взглядов, более благотворных, нежели те, кои руководят практикой теперь». Эта деятельность сделала Муромцева значимой общественной фигурой, определила его особый статус в университетской среде.