В составе заявки предоставляются материалы, подтверждающие соответствие организации установленным требованиям. В основном это копии лицензий, сертификатов, кредитных договоров, учредительных и бухгалтерских документов. Сведения о соответствии другим требованиям, например о том, что организация, претендующая на получение субсидии, не находится в процессе реорганизации, ликвидации или банкротства, а также что заявленные к возмещению затраты ранее не компенсировались и не будут компенсироваться в случае получения данной субсидии в рамках альтернативных программ государственной поддержки, просто декларируются. Декларация может потребоваться и в отношении некоторых показателей результативности, достижение которых организация обязуется обеспечить в случае получения государственной поддержки.
Сбор заявок может проводиться одноразово, с определенной периодичностью или непрерывно в течение всего года. Исходя из сложившейся практики на подготовку документов и подачу заявок с момента размещения извещения отводится не менее месяца.
Поступившие заявки вскрываются (если представлены в запечатанных конвертах) и рассматриваются администратором субсидии на предмет соответствия формальным требованиям. Далее может последовать отраслевая, технологическая или финансовая экспертиза, по результатам которой заявки рейтингуются для составления перечня предприятий или проектов, прошедших отбор или признанных победителями конкурса.
В целях обеспечения объективности и прозрачности рассмотрения и оценки заявок результаты отдельных этапов процесса оформляются протоколами заседаний либо заключениями рабочих групп, комиссий или советов, образованных из представителей администратора субсидии, профильных министерств и ведомств, а также экспертного сообщества. В ряде случаев допускается присутствие на указанных заседаниях представителей организаций, подавших заявку на участие в конкурсе или отборе.
С организациями, победившими в конкурсе или прошедшими отбор, заключается договор о предоставлении субсидий. В нем могут быть установлены отдельные сроки подачи заявок на получение субсидии. В данном случае речь идет о представлении документов, необходимых для точного расчета размера субсидии, а также о документах, подтверждающих соответствие организации или проекта установленным требованиям по состоянию на дату, близкую к дате непосредственной выплаты субсидии. На протяжении всего периода действия договора о предоставлении субсидии (который может существенно отличаться от периода субсидирования) организация, как правило, обязана отчитываться о соблюдении предусмотренных в нем условий и достижении установленных показателей результативности.