Столыпин хорошо помнил, как в Государственной Думе в феврале 1909 года он на примере дела Азефа доказывал необходимость агентурной разведки. Тогда ему удалось убедить депутатов, что Азеф никогда не подталкивал революционеров к террористическим актам, а, наоборот, постоянно срывал их планы. Сообщенные им сведения помогли предотвратить ряд покушений на важных чиновников, в том числе на Николая II и его семью во время следования на поезде. Польза от деятельности Азефа выглядела несомненной и перевешивала нанесённый им вред.
Любой здравомыслящий человек, по мнению премьер-министра, должен понимать, что, копаясь в грязи, невозможно не испачкаться. Для достижения святых целей приходится допускать совершение тайной агентурой действий, противоречащих закону. Иначе невозможно завоевать доверие бомбистов, не щадящих ни себя, ни сановников.
И всё же Столыпина беспокоили грубые промахи, допущенные сотрудниками охранного отделения. Так, закончилась катастрофой вербовка члена партии эсеров-максималистов Рысса. Арестованный за убийство и экспроприацию он дал согласие на секретное сотрудничество. Ему был организован побег. Но Рысс повел двойную игру. Он скрыл подготовку взрыва в Аптекарском переулке и нападения в Фонарном переулке с целью захвата денег, перевозимых из таможни в казначейство. В результате революционерам удалось захватить 368 тысяч рублей. Погибла охрана и множество безвинных людей, случайно оказавшихся рядом.
Была еще одна полицейская неудача. В декабре 1909 года состоящий в агентурной сети Петров во время встречи на конспиративной квартире на Астраханской улице взорвал своего куратора начальника охранного отделения Карпова. После этих крупных провалов Столыпин не мог допустить разглашения сведений об участии полиции в покушении на Витте.
На практике он неоднократно убеждался, что поступил правильно, когда при назначении премьер министром, оставил за собой пост министра внутренних дел. Это позволило ему с помощью охранных отделений и их агентуры успешно бороться с террористами и принимать важные государственные решения по реформированию России. И всё же многое его продолжало тревожить:
«Революционеры нетерпеливы и хотят добиться всего и сразу, а дворяне, стремясь к сохранению своих привилегий, ничего не хотят менять. И те, и другие мешают преобразовывать Россию. Во всей России не найдётся и пятидесяти толковых чиновников, способных возглавить губернии и навести там порядок. Велика Россия, а опереться не на кого».