При переходе к знаковым моделям, образующим вторую основную группу мысленных или идеальных моделей, характер наглядности и образности меняется. В этих моделях элементы, отношения и свойства моделируемых явлений выражены при помощи определенных знаков. Особенностью таких моделей является полное и принципиальное отсутствие сходства между элементами такой знаковой модели и соответствующими элементами объекта, поскольку понятие знака исключает сходство между ним и тем предметом или явлением, которое он обозначает, или по крайней мере не предполагает этого сходства. Роль знака по отношению к обозначаемому предмету могут играть самые разнообразные явления, выбор его определяется главным образом удобством, и в этом смысле связь знака с обозначаемыми предметами произвольна. Тем более невозможно говорить о каком-либо сходстве знака, которым обозначается отношение, с самим отношением, ибо не может быть никакого сходства между единичным, чем является знак, и отношением, которое является выражением общего.
Таким образом, в отличие от идеальных моделей первого рода знаковая модель не обладает наглядностью в смысле какого бы то ни было сходства ее элементов с элементами объекта. В силу знаковости такая модель по своей физической природе не имеет уже ничего общего с характером элементов моделируемых объектов.
Применение таких знаковых моделей особенно важно в тех областях науки, которые имеют дело с изучением предельно общих связей, отношений, структур. Метод моделей в математике и логике позволил более глубоко проникнуть в сущность изучаемых отношений и сделать доступным тщательному изучению множество новых сторон, связей, которые ускользали от исследования. Так, например, построение моделей в логике дало возможность ясно и отчетливо, в известном смысле наглядно представить структуру логических связей сложных высказываний, неадекватная языковая форма которых эту связь затемняла, скрывала. Можно сравнить внедрение метода моделей в математику и логику, начавшееся работами Буля, с изобретением географической карты или открытием структурных формул в химии. Это сравнение не случайно, ибо географическая карта и структурная формула представляют собой также модели, применяемые в соответствующих науках.
Описанные выше два типа идеальных моделей образуют два крайних, предельных случая. Существует множество моделей, в которых сочетаются черты моделей первого и второго рода. Таковы, например, модели молекул в теории химического строения. В них сочетаются знаковые элементы (химический символ, обозначающий атом, и валентный штрих, обозначающий химическую связь между атомами) с пространственным образом, который рассматривается как геометрическое подобие пространственной структуры реальной молекулы, например модель бензола в виде шестиугольника, метана – в форме тетраэдра и т.д. Следует отметить, что для моделирования только порядка химической связи достаточно воспользоваться знаками химических элементов, химической связи и скобками.