Принцип полноты. Определяет необходимость отражения всех расходов по программам в расходах бюджета на очередной финансовый год и плановый период (в бюджетной классификации). Программный бюджет, в отличие от традиционного, составляется на основе классификации расходов по программам (цели, виды государственных услуг), а не на основе статей затрат (оплата труда, материалы, оплата услуг и т. п.). Программная структура является способом описания расходов в контексте достижения поставленных целей и задач. Стратегические цели государства выражаются в виде детализированных мероприятий и результатов деятельности органов исполнительной власти.
Принцип композиции. Определяет необходимость согласования целей бюджетных программ и прогнозов (планов) социально-экономического развития. Цели бюджетных программ ориентированы на финансовое обеспечение реализации целей более высокого уровня – социально-экономического развития государства в отношении всех субъектов экономической системы. Бюджетные программы носят обеспечивающий характер по отношению к тем обязательствам, которые установлены государством в порядке регулирования отдельных видов экономической деятельности, обеспечения социальной защиты населения и предоставления публичных услуг.
Для практической реализации организационно-управленческих и организационно-методических принципов необходима классификация бюджетных программ по различным критериям с целью выявления существенных признаков каждой группы, их сходств и различий, которые должны быть учтены в процессе разработки методического обеспечения элементов модели программного бюджетирования.
Целевая бюджетная программа одновременно может классифицироваться по нескольким признакам, которые взаимно дополняют друг друга. В то же время признаки позволяют системно расположить (сгруппировать) определенные программы в соответствии с заданными критериями. Опираясь на некоторые признаки, можно принять решение о необходимости включения или исключения программы из планируемого комплекса программ развития исследуемой территории. Другие характеристики могут стать базой для формирования первоначальных оценок эффективности ее реализации, прежде всего, посредством выделения целевых ориентиров и потребностей в ресурсах.
В настоящее время нет единой классификации программ, у каждого автора свои классификационные признаки и критерии. При этом большинство авторов в той или иной интерпретации выделяют следующие критерии: уровень территориального управления и масштабы реализации, сроки достижения поставленных целей, уровень принятия решения о разработке и реализации программы, глубину решаемых задач развития, содержание и основополагающие проблемы регионального развития, источник проблемы, решаемой программой, отраслевой охват и др.