Вместе с тем в природоохранной деятельности министерств, ведомств СССР, Советов Министров союзных республик, советских и хозяйственных органов имели место серьезные недостатки. Не обеспечивался комплексный подход к решению вопросов охраны природы и рационального использования природных ресурсов. Развитие производительных сил в различных регионах страны осуществлялось без должного учета экологических последствий и проведения единой природоохранной политики.
Сложившаяся система управления природопользованием ввиду чрезмерной разрозненности природоохранных функций по различным министерствам и ведомствам не отвечала современным требованиям хозяйствования и стала серьезным фактором, сдерживающим интенсификацию производства в условиях растущей взаимозависимости между состоянием окружающей среды и развитием экономики.
В практике природоохранной деятельности недооценивались экономические методы управления. Из-за отсутствия действенных экономических рычагов и стимулов предприятия и организации не были заинтересованы в обеспечении комплексного и рационального использования предоставляемых им природных ресурсов и снижении загрязнения природной среды.
Крупным недостатком являлось то, что проводимая работа по улучшению природопользования слабо базировалась на достижениях научно-технического прогресса. Крайне недостаточно внедрялись малоотходные и безотходные технологические процессы, комбинированные производства, обеспечивающие полное, комплексное использование природных ресурсов, сырья и материалов. По существу в стороне от этого важного государственного дела оказалось большинство академических и отраслевых научно-исследовательских и проектно-конструкторских организаций.
Безответственное отношение некоторых министерств и ведомств СССР к вопросам природопользования привело к резкому ухудшению состояния окружающей среды в отдельных регионах страны. Во многих звеньях отраслевого управления преобладали ведомственность и субъективистский подход в принятии хозяйственных решений. Продолжала сохраняться порочная практика «остаточного» принципа выделения материальных и финансовых ресурсов на реализацию назревших задач охраны природы. В результате низкой исполнительской дисциплины ряд решений партии и правительства по осуществлению природоохранных мероприятий выполнялся с отступлениями от установленных сроков и не в полном объеме.