Боевая деятельность советского флота и работа его тыла проходили в очень тяжелых условиях. Сложившаяся оперативно-стратегическая обстановка в первом периоде войны потребовала совместных действий сухопутных войск и флота в таких масштабах, которые далеко выходили за рамки предвоенной теории об оперативно-стратегическом использовании ВМФ. Вынужденное отступление советских войск под натиском превосходящих сил противника привело к потере ряда военно-морских баз, портов и аэродромов с их складами, производственными предприятиями и частично запасами материальных средств. В результате на Балтийском и Черном морях была нарушена система базирования. Почти все военно-морские базы флотов оказались в зоне активных боевых действий или воздействия авиации противника. Ожесточенные воздушные бомбардировки вызывали значительные потери материальных средств, разрушения и повреждения предприятий, складов, служебного и жилого фонда, дорог, причалов, потери вспомогательных судов и транспортов. Выход из строя базовых объектов тыла ограничивал работу транспорта, предприятий и складов. Нарушение работы коммуникаций ограничило возможности подвоза материальных средств из центральных складов на флоты, а также маневра ими между базами. В связи с временной оккупацией противником ряда важных промышленных районов страны и эвакуацией промышленных предприятий на восток многие «морские» заводы были переключены на выпуск наиболее важных видов вооружения и боевой техники для обеспечения Советской Армии. Все это не могло не отразиться на организации тылового обеспечения сил флотов и флотилий.
Но, несмотря на огромные трудности, тыл флотов и флотилий успешно решал возложенные на него задачи. В соответствии со складывающейся обстановкой и характером боевых действий отыскивались новые формы и способы организации тылового обеспечения, улучшалось взаимодействие с органами тыла фронтов и армий. Например, при обороне Одессы, Ханко, Севастополя, Таллинна, полуостровов Рыбачий и Средний в Баренцевом море были организованы оборонительные районы, объединявшие боевые действия соединений и частей армии, флота и авиации. Создавались и единые органы тыла оборонительного района. В Одесском оборонительном районе тыл был создан из органов управления, тыловых частей и учреждений Приморской армии и военно-морской базы, а в Севастопольском оборонительном районе основу тыла составили органы управления, части и учреждения тыла флота. На полуострове Ханко сухопутные части были взяты на полное обеспечение тыла военно-морской базы. В период обороны Ленинграда решающая роль в вопросах материального и медицинского обеспечения сил флота принадлежала органам тыла Ленинградского фронта.