Стеганографию следует отличать и от сигнальных систем. С древних времен применяется метод сокрытия данных, который основан на построении некоторой сигнальной системы с использованием «условных знаков», т.е. не привлекающих внимание знаков и сообщений, смысл которых оговорен заранее и держится в секрете. С их помощью одна из сторон может передавать другой короткие сообщения о ходе событий или интересующих объектах, а также информировать другую сторону о том, какой способ поведения необходимо выбрать в данный момент.
В первый раз о стеганографии было упомянуто ещё в V веке до н.э. в летописи Геродота. В ней он рассказывал о вооружённых столкновениях между Грецией и Персией в V веке до н.э., которые рассматривал как противоборство между волей и рабством, между независимыми греческими государствами и Персией. Согласно Геродоту именно искусство тайнописи спасло Грецию от порабощения Ксерксом, «царем царей», правителем Персии.
Отношения между Грецией и Персией значительно обострились вскоре после того, как Ксеркс начал строительство города Персеполь, новой столицы своего царства. Дань и подарки поступали со всех концов империи и соседних государств, за исключением Афин и Спарты. Решив отомстить за такую дерзость, Ксеркс начал мобилизацию войска, заявив: «Мы так расширим персидскую империю, чтобы её границей служило небо, чтобы солнце не смогло увидеть ни лоскуток земли за нашими границами». Следующие пять лет он потратил на то, чтобы тайно собрать наибольшую в истории армию, и в 480 году до н.э. уже был готов нанести внезапный удар.
Однако наращивание военной силы Персии видел Демарат, грек, изгнанный из родины и живший в персидском городе Сузы. Несмотря на изгнание, он всё же оставался лояльным к Греции и потому решил предупредить спартанцев о плане вторжения Ксеркса. Проблема заключалась лишь в том, как передать сообщение, чтобы его не смогли перехватить персидские солдаты. Геродот писал так:
«Поскольку опасность обнаружения послания была очень велика, то оставался только единственно возможный способ, которым Демарат мог успешно передать своё послание. Он соскоблил воск с двух сложенных дощечек для письма, написал прямо на дереве, что собирается делать Ксеркс, а затем снова покрыл воском дощечки с сообщением. По внешнему виду дощечки казались чистыми, без каких-либо записей, поэтому они не вызывали подозрения у персидских солдат.