Наконец, спустя три года после смерти жены, Фома требует привезти к нему детей. К этому времени все его попытки поднять европейцев на крестовый поход за освобождение Константинополя кончаются крахом. Возможно, он уже чувствует, что силы его иссякают, он нездоров, и хочет проститься со своими детьми. Но это ему не удается.
«И весной 73 года>29 деспот кир Фома, послав людей, потребовал, чтобы его сыновья и дочь приехали туда, где был он. Так и было сделано. И когда они на корабле достигли Анконы, он только услышал, что они доехали, но увидеть их не успел, ибо 12 мая, находясь в Риме, умер 56-ти с небольшим лет»>30. «Палеолог скончался 12 мая 1465 г. Его останки были погребены в склепах св. Петра. Чтобы сохранить воспоминания о его прекрасных чертах, папа будто бы велел воспроизвести их в мраморной статуе св. Павла. Она должна была украсить лестницу в Ватикане».>31
Перед смертью деспот Фома, по сообщению П. Пирлинга, назначает своим душеприказчиком и опекуном детей своего земляка, грека, ученого-гуманиста и политического деятеля кардинала Никейского Виссариона.
Тут необходимо сделать небольшое уточнение. Некоторые историки называют кардинала-грека на латинский манер Бессарионом. Очевидно, эта неточность так же, как и в случае с фамилией матери Софьи, связана с переводом имени владыки с греческого языка на латиницу. В оригинале на греческом языке его имя пишется Βασίλειος Βησσαρίων, то есть Василиос Виссарион. У греков буква «в» звучит, как и на русском языке. Латиняне переиначили по-своему. Эту версию подтверждает и тот факт, что в православных святцах нет имени Бессарион, но есть Виссарион, а при крещении младенца в те времена нельзя было игнорировать этот фактор.
На Флорентийском соборе 1439 года этот священнослужитель, тогда еще архиепископ города Никеи, вместе с митрополитом Исидором Русским поддержал принятие унии и в благодарность получил от папы высокий сан кардинала Никейского. А после смерти в 1463 году патриарха Константинопольского Исидора Виссарион был назначен на его место, хотя там, в Царьграде, в это время был и другой патриарх, поставленный султаном. Виссарион не забывал своих выживших в катастрофе соплеменников, по возможности помогал им, собирал деньги на выкуп пленных византийцев. Деспот Фома хорошо понимал, что после смерти его друга Исидора лишь один человек – кардинал Никейский, имеющий в Риме власть и влияние, а также постоянные источники доходов, может стать настоящей опорой сиротам. И как показала жизнь, Фома Палеолог поступил мудро, избрав своим детям такого опекуна. Кардинал Виссарион сделал для его детей, в первую очередь для Зои-Софьи, все, что было в его силах.