Естественная растительность крайне разрежена. В ее составе господствуют пустынные полукустарнички (полыни, солянки) и эфемеры. Первые прерывают свою вегетацию на летнее время, вторые завершают ее к началу лета. Формирование почвы также происходит только в краткие периоды благоприятного соотношения тепла и влаги. В остальное время года почва находится в состоянии биологического покоя.
Зональные почвы пустынь Казахстана – бурые и серо-бурые. Бурые пустынные почвы тяготеют к северным районам зоны (Прикаспийская низменность, Северное Приаралье, отчасти Бетпак-Дала), где количество атмосферных осадков приближается к 150 мм/год или несколько выше. Серо-бурые почвы, наиболее типичные для пустынь умеренного пояса, свойственны для остальной части зоны. По площади эти 2 типа подзон делят зону пустынь примерно пополам.
Подзона крайне сухой северной пустыни бурых почв. Занимает территорию в географических координатах 46—48>0 с. ш. Средняя годовая температура воздуха изменяется от 3,5>0 на востоке до 11,1>0 – на западе. Сумма температур выше 10>0 – 2700—3800>0. Осадков выпадает от 120 до 180 мм, при этом испаряемость превышает количество осадков в 10—12 раз. Гидротермический коэффициент Селянинова 0,2—0,4. Все это создает глубокий дефицит влаги в почве, вызывает летнюю паузу или сильно замедляет вегетацию растений, микробиологические и биохимические процессы. Растительность солянково-полынная с участием полыни, прутняка, биюргуна и др.
Подзона предельно сухой центральной пустыни серо-бурых почв находится южнее 46—47>0 с.ш. и ограничивается на юге подножиями горных хребтов Тянь-Шаня и Тарбагатая. Средняя годовая температура воздуха здесь выше на 1—2>0, на 200—400>0 выше сумма эффективных температур более 10>0. Осадков выпадает 100—170 мм в год с максимумом в весенний период. Гидротермический коэффициент Селянинова от 0,2—0,4 до 0,1—0,3. В растительном покрове преобладают полынно-солянковые пустыни (боялыч, биюргун, полыни и др.).
Сельское хозяйство в пустынях Казахстана имеет преимущественно животноводческое направление. Главное из них – верблюдоводство, мясо-сальное и смушковое овцеводство, которое базируется на использовании пустынных пастбищ. В меньшей степени, в основном в обводненных районах, развито табунное коневодство и мясное скотоводство. Очаги поливного земледелия сосредоточены в низовьях крупных транзитных рек, пересекающих пустыни – Сырдарьи, Чу, Или и др.