В 1533 г. Писарро с отрядом солдат занял столицу Перу – Куско, а в 1535 г. основал город Лиму, ставший столицей Перу. На территории империи инков испанцы создали наместничество, в которое вошло большинство их южноамериканских колоний. Индейцы несколько раз устраивали восстания против испанцев. Самое крупное произошло в 1780-81 гг., но, как и все предыдущие, было разгромлено.
С начала ХХIX века шла освободительная борьба в Южной Америке, но Перу оставалась оплотом испанского колониализма. Для подавления восстаний из Перу войска отправлялись в Аргентину, Чили, Колумбию. В 1820 в Перу высадились повстанцы во главе с «генералом» Сан-Мартином, прибывшим из Чили. Он взял Лиму и, провозгласил в 1821 г. независимость Перу, но вскоре в Лиме началось восстание против Сан-Мартина и он был вынужден отказаться от власти. В июне 1823 испанцы возвратили себе владычество над Перу. В 1824 в Перу с севера вторглись войска Сукре, сподвижника Боливара и окончательно победили испанцев. Боливар разделил Перу на две страны – собственно Перу, и Боливию (названную в его честь).
После обретения независимости в 1821 году, Перу претерпела периоды политической нестабильности и финансового кризиса, периоды устойчивого развития и экономического подъёма. В первые 20 лет шла борьба с Боливией, были восстания и перевороты. При президенте Кастилье в 1855 г. было отменено рабство. В 1864–65 гг. Перу объединилась с Чили, Боливией и Эквадором и участвовала в войне против Испании. В 1879-83 гг. шла Тихоокеанская война из-за боливийской провинции, богатой залежами селитры. В течение этого времени Чили вела военные действия против объединившихся Боливии и Перу, победила их и чилийцы заняли почти всё южное побережье Перу, вошли в Лиму.
В 1918–1919 гг. бастовали горняки, рабочие, студенты и некоторая часть военнослужащих. Между ними и правительственными войсками происходили вооруженные столкновения. В этих условиях А. Легия совершил переворот и стал диктатором (1919–1930 гг.). Его правительство поощряло инвестиции американских компаний, но было вынуждено ограничить их права. В соответствии с конституцией 1920 г. недра стали государственным достоянием, собственность на землю регулировалась перуанскими законами, крестьянские общины получили право юридического лица, были введены прогрессивно-подоходный налог и социальное страхование для трудящихся.