Христианская иерархия стала такой влиятельной в Европе, что не менее десяти королей и политических деятелей Германии и Франции были отлучены от церкви папой. Некоторые крупные земельные собственники потеряли все.
Некоторые были принуждены нести публичное наказание за инока- и свободомыслие. Отсюда развилась инквизиция с ее кострами и пытками.
Церковь велела, чтобы Торнили высекли до полусмерти за то, что он заявил, что звезды не падают со своих определенных траекторий, а Кэмиленда бросили в тюрьму 27 раз за то, что он утверждал, что существуют бесчисленные иные миры, кроме Земли. Церковь заточила в тюрьму Галилео за то, что он утверждал, что Земля вращается по орбите вокруг Солнца.
Церковь пытала Гарвей за преступление, заключающееся в том, что он доказывал, что кровь циркулирует в теле по артериям и венам. Церковь заключила в тюрьму Христофора Колумба за то, что он открыл землю, не упомянутую св. Павлом, что открывать новые земли или континенты, не предсказанные в писании, ‒ это святотатство. Церковь отлучила Паскаля и Монтея за безнравственность, а Мюллера ‒ за святотатство и безнравственность.
Далее ‒ эпоха крестовых походов с поголовным истреблением всего иначе верующего, эпоха войн, вызванных реформационным движением, взаимное преследование и уничтожение ереси и еретиков.
Толкователи христианской религии из первоначально чистой веры, призванной очищать сердца и души людей для духовно-нравственного возвышения до уровня высочайшей морали, чтобы вступить с этой моралью в завтрашнее Царство божье, создали религиозную систему подавления, препятствие на пути духовного прогресса. В этот период божья «благодать», из-за непослушания человека, вновь превращается в страдания для христианского мира.
Этот период называют периодом слияния религиозного и политического порядка, сведение церковной организации к роли бастиона ‒ сил социальной консервации и политического господства. И действительно, в течение долгого времени интеллект Европы был подавлен этой религиозной системой. Во времена средневековья, когда церковь была всемогуща, Европа была нежизнеспособна и не имела своих научных достижений. Точные науки были косные, господствовали предрассудки, она даже утратила свою связь с философскими достижениями Рима и Греции, из которых произошла европейская культура. Интеллект не раз восставал, но снова и снова терпел от церкви поражение. История средневековья полна этой острой борьбы между интеллектом Европы и искаженным духом церкви.