Главным назначением и призванием России в XX веке, в эпоху великих гонений, страданий и смут, Владыка считал исповедническое стояние русского народа в вере православной. «Знайте все: Русь идет своим исповедническим, мученическим, жертвенным путем, предначертанным ей всемогущим Промыслом Божиим. Сохранение полноты и целостности апостольского, святоотеческого Православия – первейший долг Церкви, первейшая обязанность любого верующего человека. Покуда цело Божественное учение, сильна и необорима Церковь Русская. Поколеблемся в вере… поддадимся соблазнам – утеряем церковную благодать, лишимся спасения, погубим себя и Россию!» – писал он в одном из посланий.
Большое внимание Архипастырь уделял духовному просвещению нашего города. Он отредактировал и издал книги свт. Феофана Затворника: «Что есть духовная жизнь и как на нее настроиться?», «Ключи разумения». Благодаря ему вновь увидели свет богословские творения прп. Ефрема Сирина и других.
После долгих лет вынужденного молчания Русская Православная Церковь в лице Владыки Иоанна заговорила в полный голос о самых важных вопросах и проблемах жизни России. Выступления и статьи Митрополита Иоанна сняли табу с различных вопросов, десятилетиями умалчиваемых, открыли для многих Православие как великую духовную и нравственную силу возрождения России. Владыка неустанно стремился к воцерковлению нашего народа.
В эти годы под видом «обретенных свобод» в нашем обществе началось соблазнение людей «золотым тельцом», культом наживы: страну захлестнула волна сектантства, оккультизма и откровенного колдовства. Появились многочисленные западные проповедники, лжеучителя, сеющие ереси и расколы. Фактически началась религиозная война. Именно Владыка Иоанн указал на опасность, которая постоянно угрожала Православию и России со стороны агрессивного Запада, когда так называемый «цивилизованный мир» стремился завладеть душой нашего народа, вытесняя из его духовной жизни веру в Бога, желая поработить грехом сребролюбия.
На вопросы, как спасти народ и страну от этого зла, Владыка отвечал: «У нас есть единственный путь спасения – путь объединения вокруг наших вековых святынь, возрождения русской соборности и державности, духовного прозрения и очищения. Сумеем пробиться к Богу сквозь толщу лжи и клеветы, нагроможденную христоненавистниками, значит, сумеем возродить Святую Русь».