Окончательное же восприятие веры произошло вечером 1 августа 1943 года в день памяти преподобного Серафима Саровского. Вскоре Божий Промысл приводит его к священнику Леониду Смирнову, который первый раз напутствует юношу Святыми Тайнами.
В конце ноября 1944 года Иоанн был призван в ряды Советской Армии, но через несколько месяцев, по болезни, его освобождают от несения воинской повинности и он становится пономарем храма святых апостолов Петра и Павла г. Бузулука Оренбургской области. В это время вновь назначенный на Оренбургскую кафедру епископ Мануил (Лемешевский; впоследствии – митрополит) обращает внимание на молодого пономаря и берет его в келейники. 9 июня 1946 года послушник Иоанн, после пострига в рясофор, рукоположен был своим старцем-архиереем во диакона, а 14 января 1948 года – во иерея. Святитель возлагал на него и чисто епархиальные дела, ибо не везде в приходах было спокойно, временами возникали внутренние нестроения. Туда и посылал Владыка своего совсем юного келейника укрощать человеческие страсти.
В сентябре 1948 года, когда архиепископа Мануила сослали в Потьму, о. Иоанн поступил в Саратовскую духовную семинарию, которую окончил по первому разряду. В 1951 году он становится студентом Ленинградской Духовной Академии, заканчивая ее через 4 года со степенью кандидата богословия. Его оставляют профессорским стипендиатом на кафедре сектоведения.
В декабре 1955 года состоялась встреча с вернувшимся из ссылки архиепископом Мануилом, которого назначили временно на Чебоксарскую кафедру. Зимой 1956 года о. Иоанн в свободное от стипендиатской работы время помогал своему архипастырю составлять «Чин архиерейского отпевания», а осенью был определен преподавателем Минской Духовной семинарии и пострижен в мантию.
В сентябре 1957 года, по ходатайству архиепископа Чебоксарского и Чувашского Мануила, иеромонах Иоанн вернулся к старцу-святителю в Чебоксары, где в течение двух лет помогал ему работать над капитальными трудами: «Каталог русских архиереев периода с 1898 по 1956 годы», «Топография архиерейских кафедр и викарств того же периода», «Фотоальбом православных архиереев от начала Крещения Руси до 1958 года». За участие в их написании иеромонах Иоанн в марте 1959 года был награжден Святейшим Патриархом Алексием I крестом с украшениями.